Сам Ордин-Нащокин, давно использовавший тайнопись в личных грамотках и записках царю, прекрасно знал ревнивое отношение Алексея Михайловича к разглашению содержания обсуждавшихся государственных вопросов. Он не отрицал своего общения с «опальным» Зюзиным, но боярин ничего определенного не мог вспомнить из этих разговоров, кроме слов: «добры де, чтоб к посылке ево посольства был и патриарх; а болши того ничего не говаривал». Показания Зюзина про разговоры с Артамоном Матвеевым вообще отсутствуют, и это, скорее всего, не случайно. Если Афанасий Ордин-Нащокин не обсуждал подробно приезд патриарха Никона, то это мог сделать только еще один человек, названный в деле и также входивший в царское окружение.
Одна деталь хорошо подтверждает высказанную версию. Из расспросных речей стрельцов про внезапный приезд патриарха выясняется, что городские ворота в ту ночь охранял приказ Артамона Матвеева. Никону объясняли, что, приехав в Москву ночью к Тверским воротам, он должен был назваться архимандритом Звенигородского монастыря. Именно полковник и стрелецкий голова Матвеев мог распорядиться о пропуске «звенигородских властей» (на самом деле патриарх Никон въехал сначала в Никитские ворота, но это не отменяет того факта, что ждали его в Москве именно тогда, когда могли обеспечить беспрепятственный проезд в Кремль). И еще одно важное обстоятельство для понимания скрытой борьбы при дворе царя Алексея Михайловича. Как уже упоминалось, Артамон Матвеев — пасынок главы Посольского приказа думного дьяка Алмаза Иванова, многократно сталкивавшегося, вплоть до личных ссор, с Ординым-Нащокиным и входившего в круг думцев, любыми средствами не желавших допустить примирения царя и патриарха.
Царь Алексей Михайлович в итоге смог разобраться во всех деталях дела о самовольном приезде Никона в Москву. По итогам его рассмотрения наказали только одного участника событий — боярина Никиту Зюзина. Его лишили боярского чина, вотчин и поместий и сослали в Казань. Поплатился за свою «вину» ростовский и ярославский митрополит Иона, принявший благословение патриарха. Возможно, снова не обошлось без умысла отвратить царя от набиравшего силы и достигшего положения патриаршего местоблюстителя иерарха. Схема была сходной, как и с попыткой дискредитации Ордина-Нащокина в глазах царя. Заранее было известно, что в ночь на 18 декабря в Успенском соборе должны были служить митрополит Иона и митрополит Сарский и Подонский Павел. В зюзинском следственном деле нет и намека на принятие патриаршего благословения митрополитом Павлом. Почему же тогда Никита Зюзин думал, что тот примет это благословение, и писал об этом в письме патриарху?
Павел получил крутицкую митрополию после того, как патриарх Никон проклял его предшественника Питирима. Поставление Павла прошло без участия Никона, и он посчитал это таким же вторжением в его патриаршие права, как и хождение переведенного на новгородскую митрополию Питирима в шествии «на ослята». 19 декабря митрополит Павел был послан вместе с окольничим Родионом Матвеевичем Стрешневым возвратить взятый Никоном патриарший посох. Никон высказал все, что думал о крутицком митрополите: «А митрополиту говорил, что он ево знал в попех, а в митрополитах не знает, и кто ево в митрополиты поставил, того не ведает, и посоха ему не отдаст». И в дальнейшем митрополит Павел проявил себя как участник антиниконовской «партии», усердствуя в обвинении патриарха Никона на суде над ним.
Никон тоже понял свою ошибку и увидел, как была использована его доверчивость. Поэтому решил искать примирения и вернул забранный из Успенского собора посох митрополита Петра. Выдал он и оставшееся у него письмо боярина Никиты Зюзина, чтобы доказать свой приезд «не самовольно», а «по вести с Москвы» (другая переписка между ними была предусмотрительно уничтожена). Патриарх даже здесь стремился не уронить своего достоинства и сделал это через воскресенского архимандрита Герасима, но в присутствии митрополита Павла и окольничего Родиона Стрешнева. К царю Алексею Михайловичу он обратился с челобитной, предлагая компромисс. Патриарх просил, «чтоб великий государь ко вселенским патриархом не посылал», а в ответ обещал, «что на святительский престол великия России не возвратится и в мысли ево того нет». Никон просил только оставить ему, как и раньше, в управление два монастыря, где вел строительство, — Воскресенский и Иверский. Добавляя, что у «прóклятого» им новгородского митрополита Питирима и без того останется в управлении больше 250 монастырей и двух тысяч церквей. Никон стремился к миру с царем и «успокоению» церкви, ссылаясь еще на приближавшуюся старость: «…а век де его не долгой, а ныне де ему близко 60 лет» (что было правдой: Никон родился в 1605 году). Просил он и за людей, сосланных в его деле, а также заботился о сохранности привилегий Воскресенского монастыря.
