Быстро справиться с Никоном его врагам не удалось. Тогда была сделана ставка на посредников из греческого духовенства, более ловко, чем домашние богословы, умевших использовать канонические разночтения и учительский авторитет. Но только не для Никона, убедительно настаивавшего на том, что вселенского патриарха могут судить только такие же вселенские патриархи. Размолвка царя и патриарха совсем иначе выглядела в Константинополе и Иерусалиме, где вселенские патриархи не могли действовать самостоятельно без согласия султана под угрозой потери не только кафедры, но и жизни. В желании оправдаться Никон решил напрямую обратиться к константинопольскому патриарху Дионисию. Выше арбитра в церковных делах не было как для Никона, так и для царя. Только здесь было нарушено главное требование к патриарху Никону — обращаться по всем делам сначала с челобитной к царю. Патриарх Никон, напротив, действовал тайно и решил переслать письмо главе Православной церкви без ведома царя Алексея Михайловича.
Возможность для отсылки письма патриарху Дионисию появилась во время пребывания в Москве посольства Войска Запорожского во главе с гетманом Иваном Брюховецким. Один из участников посольства, депутат от Чернигова «черкашенин» Кирилл Давыдов, совершил паломничество к патриарху Никону в Воскресенский монастырь в начале декабря 1665 года. Тогда же к патриарху приехал из Иверского монастыря его двоюродный племянник Федот Тимофеев сын Марисов, служивший в патриарших детях боярских. Именно ему и было поручено патриархом Никоном отвезти письма в Константинополь, выехав из столицы под видом родственника черниговца Кирилла Давыдова, якобы прожившего в Москве в плену несколько лет. Еще не зная ничего о содержании этих писем, в Москве сделали всё, чтобы вернуть беглеца, обратившись к гетману Брюховецкому, быстро исполнившему царскую просьбу. Федот Марисов был быстро пойман и доставлен в Москву, 8 февраля 1666 года он уже давал показания. Письма патриарха Никона оказались при нем.
Нарушения тайны и предательство доверия «Тишайший» не прощал, пути к примирению с Никоном и его возвращению на патриарший престол не осталось. Царь стал лично готовить своих посланников к константинопольскому патриарху. Он выбрал для этого архимандрита Афонского Павловского монастыря Иоанникия и келаря кремлевского Чудова монастыря Савву, наказав им передать золотые складни с иконами Богоматери и Николая Чудотворца. Представители царя должны были тайно проехать к константинопольским патриархам — Дионисию и его предшественнику Парфению. Грамота Дионисию датирована 11 января 1666 года, его просили приехать в Москву для участия в церковном суде или по крайней мере назначить своего экзарха. Патриарху Парфению написали грамоту 15 января (существовала вероятность, что его вернут на константинопольский престол, поэтому было заготовлено две грамоты). Тогда же были выданы статьи, «прикрывавшие» главные цели посылки архимандрита Иоанникия и келаря Саввы: о поиске книг, мастеров, закупке товаров и проч. Предусмотрительность оказалась не лишней, ибо турецкие власти с подозрением отнеслись к поездке Иоанникия и задержали его на Афоне. Келарь Савва уже один исполнил свою миссию и добрался до константинопольского патриарха.
Из царских вопросов, переданных константинопольскому патриарху, отчетливо выясняются причины, по которым царь Алексей Михайлович желал видеть его лично в Московском государстве. Царь «молил» вселенского патриарха, «дабы ты пришел на Москву и дом его благословил и церковные нужные вещи исправил». Главное, что хотел узнать царь: «И что сотворити царю: или Никона патриарха молить, или иного поставить?» Как видим, Алексей Михайлович все еще допускал возможность возвращения патриарха Никона на свой престол! Остальные вопросы были вызваны сомнениями по поводу количества и содержания прежних грамот вселенских патриархов, переданных с диаконом Мелетием и Стефаном Греком, а также недоверием к посредникам в Москве. Про иконийского митрополита Афанасия спрашивали: «От тебя ли прислан и сродствен ли тебе, или ни?» Интересовали царя и полномочия Паисия Лигарида: «И в прошлом во 173-м году Стефан гречин был ли у тебя и с ним грамоты послал ли еси, что Гас кому быть ексархом, или ни?»
Из ответов патриарха Дионисия получалась совсем неприглядная картина. Московский царь выглядел жертвой обмана. Иконийский митрополит Афанасий оказался самозванцем, а не родственником константинопольского патриарха, и бежал в Москву от долгов. Прав был Никон и в своих обвинениях Паисия Лигарида в «латинстве». В ответе патриарха Дионисия про главного «судью» в «деле Никона» говорилось: «А Глигаридий лоза не констянтинополскаго престола, и я его православна не нарицаю, что слышу от многих, что он папежин и лукав человек». Конечно, такой отзыв разрешал вопрос о том, существовала или нет грамота о назначении Паисия Лигарида экзархом константинопольского патриарха.
