Кроме государственного центра, или Москвы, летописное дело в эту эпоху продолжается почти с прежней энергией только в бывших северо-западных вечевых общинах, Новгороде и Пскове, т. е. в областях с наиболее развитой гражданственностью. Но и там сия деятельность совершается уже под очевидным московским влиянием, непосредственным проводником которого являются новгородские владыки, не избираемые, как прежде, общиной, а назначаемые прямо московскими государями. Известно, что летописное дело в Новгороде и прежде велось под надзором владык. Отсюда тем заметнее перемена в характере самого летописания после падения политической самостоятельности Новгорода и Пскова. Замолкли известия о бурных вечах, борьбе посадничьх партий и т. п. движениях. Церковные интересы, прежде шедшие рядом с местными политическими и даже уступавшие им первенство, теперь решительно преобладают в Новгородских летописях, начиная с знаменитого дела о ереси жидовствующих. Известия собственно церковные или епархиальные, т. е. о построении новых храмов, обновлении старых, о молебнах, крестных ходах, иноках, о путешествиях владык, и благочестивые легенды перемежаются только частными известиями о разных бедствиях, каковы: пожары, голод, моровая язва, неприятельские разорения и т. п. Любопытно, что прежний обычай жребия при выборе владыки иногда применяется к выбору святого. Так, в 1533 году в Новгородской области и во Пскове был большой мор (вероятно, от обычной местной болезни, именуемой «железою»). Владыка Макарий назначил жителям двухнедельный пост. Мор не прекращался. Тогда, по совету с гражданами, он решил поставить церковь-обыденку. Но возник спор: во имя какого святого? Одни говорили, что надобно ставить во имя апостола и евангелиста Матфея, которому еще не было посвящено ни одного храма в городе; а другие хотели апостола и евангелиста Марка. Владыка велел положить на престоле в соборном храме два жребия; вынули жребии Матфея, а Марков остался на престоле. 8 ноября поставили деревянную обыденку во имя Марка. Владыка в этот день служил молебен в св. Софии, а потом соборне освятил новую церковь, совершил в ней литургию и повелел по всему городу, а также по монастырям петь молебны и праздновать св. евангелисту Марку. С 6 января мор начал утихать.
В 1552 году был в Новгородской области необыкновенно сильный мор, который не щадил и людей иноческого или священнического чина, так что много церквей стояло без божественной службы; при Софийском соборном храме из 24 попов и дьяконов осталось только шесть священников и два дьякона. Всего от этого мору, если верно известие летописи, умерло 279 594 человека — число огромное для того времени. По благословению епископа Серапиона, духовенство и народ в один день поставили две церкви во имя препод. Кирилла Белозерского и св. мученика Христофора. А тут, по словам летописца, новое бедствие: вследствие постоянной нужды в причащении умирающих, во всех городских церквах не достало «агнцев», т. е. запасных даров, которые вынимаются в великий четверг на весь год. Архиепископ Серапион велел священникам брать запасный агнец из Софийского собора, а между тем послал гонца в Москву к митрополиту Макарию с вопросом, что делать, когда и этот агнец весь выйдет. С разрешения митрополита владыка соборне служил святую литургию и вынул запасный агнец, так же как это совершалось в великий четверг, а от сего агнца уже брали приходские священники по мере нужды. В новгородских летописях встречаем особую подробную повесть о том, «как Иоанн Васильевич, самодержец всея Руси, казнил Великий Новгород, еже оприщина и разгром именуется». Этой скорбной повестью почти заканчивается новгородское летописание; далее оно продолжалось в виде некоторых записей и отдельных сказаний. Вместе с материальным благосостоянием Великого Новгорода погром, очевидно, нанес тяжелый удар и развитию книжной словесности, развитию довольно заметному в эпоху, предшествующую погрому.
