Первые бомбардировщики Ту-16 поступали на вооружение тяжелых бомбардировочных авиационных дивизий (ТБАД). В их состав входило обычно два, реже – три тяжелых бомбардировочных авиационных полка (ТБАП). Отдельные ТБАП и дивизии входили в состав отдельных корпусов – ОТБАК, которые в 1980 г. были переформированы в Воздушные Армии Верховного Главного Командования – ВА ВГК. Две-три Воздушные Армии в разные годы составляли ДА.
На пике «холодной войны», в период жесткого ядерного противостояния первой половины 60-х гг. на ДА была возложена задача нанесения ответного удара по противнику. В то время межконтинентальные ракетные средства доставки еще только разрабатывались, и на долю Ту-16 выпала «честь» сыграть роль «ядерной дубины» СССР. В эти годы боеготовность полков Ту-16 была доведена до высокого уровня, и они превратились в одну из основных сил ядерного сдерживания. Конечно, Ту-16 не могли достать территорию США, и поэтому их главными целями были определены военно-воздушные и военно-морские базы США в Западной Европе, и на территории других стран. Так же, естественно, не были обойдены вниманием военно-промышленные объекты европейских стран НАТО. Во многом благодаря именно Ту-16-ым, в те годы сложился примерный паритет между наступательными ядерными потенциалами СССР и США. Однако паритет этот все же был несколько однобоким: по количеству атомных бомб, которые можно было доставить собственно на территорию противника, Америка намного опережала Советский Союз.
