Смерть любимейшего сына Первого Инки не могла не поставить ситуацию на грань войны, но как ни велико было горе Манко, он понимал, что война принесёт во много раз больше бед и всё-таки попытался решить проблему дипломатическим путём, говоря, что казнь убийц ни в коем случае не означает враждебности к христианству как таковому, и что войны он ни в коем случае не желает. Он был даже готов согласиться на присыл ещё одной миссии, но белые люди поступили хитрее. С одной стороны, от лица Испанской Короны пришло прочувствованное письмо, в котором изъявлялось соболезнование горю несчастного отца, потерявшего своего сына, с другой -- при помощи Церкви нагнеталась истерия, готовившая общественное мнение к очередному Крестовому Походу против язычников, поднявших руку на Служителей Божьих. Однако об этой истерии в Тавантисуйю не знали, вот почему нападение на корабли, охранявшие побережье, было воспринято как неожиданность и не все даже догадались, что это начало большой войны.
Именно так, без объявления войны и предъявления каких-либо претензий к Тавантисуйю началась Великая Война. Поначалу испанцам сопутствовала удача. После непродолжительной осады главный порт страны Тумбес был взят штурмом(говорили, что тут не обошлось без измены), и далее враги шли по стране подобно лавине, сметая всё на своём пути. Они дошли до Кито, окружили Северную Столицу кольцом осады, однако не смогли ни взять город штурмом, ни принудить мучимых голодом и жаждой жителей к сдаче. Те слишком хорошо помнили, каково было под испанцами в прошлый раз и по сравнению с этим даже смерть от голода и жажды в осаждённом городе казалась не такой уж страшной участью. Тем более что де Толедо, объявленный вице-королём покорённых территорий, установил на них жуткие порядки. Всё население там обязательно должно было быть крещено и воцерковлено, что позволяло установить за всеми жителями полный контроль при помощи регулярной исповеди. Тот, кто от неё уклонялся, немедленно попадал под подозрение.
Де Толедо запретил и велел сжечь все до единой книги, напечатанные в Тавантисуйю, а также велел убивать всех инков вместе с семьями, объявив их потомками взбунтовавшихся против Бога ангелов, семя которых, в Старом Свете уничтоженное потопом, должно быть уничтожено очистительным огнём инквизиции и в Новом. Также должны были быть сожжены все "языческие жрецы", то есть амаута, запрещены все языческие обряды, театр, песни и танцы. Де Толедо дошёл даже до того, что запретил матерям носить маленьких детей в подвязке за спиной, сочтя это, видимо, или слишком национальным обычаем, или решив показать, что ничего полезного индейцы до завоевателей создать не могли, и потому всё, что у них было отличного от европейцев, должно быть предано забвению, ведь вице-король хотел даже местные языки запретить.
Но завоеватели не рассчитали одного. Манко тоже учёл опыт прежних войн, и тоже сделал из него немало важных выводов. Прежде не все хотели бороться потому что не понимали, что под испанцами жить невозможно. Значит, надо донести это до всех и каждого. Пропаганда во время Великой Войны была на высоте, тем более что грамотные крестьяне теперь могли не ждать публичных зачитываний информации гонцами, а передавали друг другу газеты, в которых как рассказывалось об ужасах, чинимых врагом, так и о подвигах, совершённых воинами инков. Последнее предотвращало панику и уныние. Войска испанцев, дошедшие почти до Куско, были отброшены назад, и постепенно вся страна была очищена от врага. Да и полководческий талант Манко испанцы слишком рано сбросили со счетов.
