По характеру своему Никон пользовался своим влиянием и властью очень решительно и круто. По словам современников, он начал «стоять высоко и ездить широко». Он любил проявлять свою мощь, требовал почтения и повиновения ото всех, скоро и жестоко наказывал ослушников. «Какая тебе честь, владыко святый, что всякому ты страшен? — говорил Никону один из его прежних друзей. — Государевы царевы власти уже не слыхать, от тебя всем страх и твои посланники пуще царских всем страшны!» Хотя Никон деятельно управлял церковными делами и устроил для церкви и духовенства много полезного, однако духовенство не любило его за его властолюбие и крутой нрав. Не любили его и придворные. Они должны были поневоле терпеть его вмешательство в государственные дела и его высокомерное отношение к боярам; но они хорошо понимали, что Никон пользуется таким значением не по праву, а только по государевой любви и милости. Естественно было среди придворных желание отнять у патриарха эту милость, а вместе с тем уничтожить его влияние и силу. Поэтому против Никона легко возникали интриги; против него была настроена даже царская семья.
Понемногу и сам царь начал освобождаться от слепого подчинения Никону. Этому много содействовали путешествия молодого царя в Литву и Ливонию на театр войны. Во время походов он увидел много нового как на Руси, так и за границею. Он возмужал, развился и приобрел некоторую самостоятельность ума и характера. Выйдя из-под влияния привычной московской обстановки, он сознательнее стал относиться к московским делам и людям; ему стало не нравиться открытое величание Никона. Правда, царь Алексей не изменил сразу дружественного обращения с патриархом; однако между ними стали происходить короткие размолвки, и царь не раз сердился на патриарха за его самовольство. С течением времени эти размолвки становились чаще и сильнее. Наконец, в 1658 г. последовал окончательный разрыв дружеских отношений. Никона перестали призывать во дворец на придворные торжества и церемонии. Однажды во время такой церемонии у дворца побили палкою посланного Никоном во дворец патриаршего чиновника. Виновный в этом (окольничий Хитрово) остался без наказания; мало того, на жалобы Никона по поводу этого дела царь прислал ему сказать, что сам он гневен на патриарха за то, что тот держит себя самовластно и именуется «великим государем». Получив такое извещение от царя, не желавшего лично видеться с патриархом, Никон решил оставить патриаршество на Москве. Отслужив последний раз литургию в Успенском соборе (10 июля 1658 г.), он снял с себя патриаршее облачение и, несмотря на просьбы бывшего в церкви народа, уехал из Москвы в «Новый Иерусалим», иначе Воскресенский монастырь, который он сам себе устроил (в 40 верстах от Москвы) на личные средства.
С отъездом Никона наступила смута в русской церкви. Вместо ушедшего со своего престола патриарха надобно было избрать нового. Но поведение Никона не допускало до этого: хотя он сам торопил с избранием патриарха, однако о себе самом давал понять, что, оставив московскую кафедру, он не снял с себя патриаршего сана. Выходило так, что Никон оставался патриархом, только не в Москве. Понятно, что, имея уже одного патриарха, русская церковь не могла избирать другого. Это можно было сделать, только сняв с Никона патриаршество. Об этом и поднят был вопрос на соборе русского духовенства в 1660 г. Большинство собора было против Никона и постановило лишить его сана; но меньшинство (в том числе знаменитый ученый монах Епифаний Славинецкий) доказывало, что поместный собор не имеет такой власти над патриархом. Царь Алексей согласился с доводами меньшинства, и Никон сохранил сан. Но это так запутало дело, что оно могло быть разрешено только междуцерковным советом. В особенности хлопотал о том, чтобы завязать сношения по делу Никона с греческими патриархами, бывший тогда в Москве ученый грек Паисий Лигарид (митрополит Газский). Сношения эти были начаты и велись несколько лет. Они привели к тому, что восточное патриархи изъявили свое согласие на устройство в Москве собора греческих и русских иерархов. Два патриарха лично приехали в Москву (Александрийский и Антиохийский), а два другие (Цареградский и Иерусалимский) прислали свои грамоты и представителей. В конце 1666 г. составился в Москве «великий собор» для суда над Никоном; на нем присутствовало до 30 архиереев, русских и греческих, от всех главных церквей православного востока.
