В ожидании соборного суда над собою Никон держал себя очень неспокойно и этим раздражал государя. Он вздумал было самовольно приехать из своего монастыря в Москву и снова занять патриарший престол; но его тотчас же отправили назад в монастырь, не позволив и дня остаться в Москве. Он пытался далее сам вступить в сношения с патриархами и писал им послания, в которых, не стесняясь, жаловался на бояр и на самого царя, обличал в ереси Паисия Лигарида и бранил московские порядки, установленные Уложением. Послания Никона были перехвачены и на соборе послужили тяжкою уликою против него же. Собор сначала познакомился с делом в отсутствие Никона. Затем позвали самого Никона, чтобы выслушать его объяснения и оправдания. Никон держал себя гордо и неуступчиво, вступал в споры с обвинителями и самим царем, который в слезах и волнении жаловался собору на многолетние провинности патриарха. Собор единогласно осудил Никона и лишил его патриаршего сана и священства. Обращенный в простого инока, Никон был сослан в Ферапонтов монастырь близ Белаозера. Почти пятнадцать лет провел он в заточении и только в 1681 г. был отпущен в свой Воскресенский монастырь. Но по дороге туда, на Волге, около Ярославля, 76-летний Никон скончался под стенами Спасского монастыря на том струге (большой лодке), на котором его везли.
Никон действовал властолюбиво и высокомерно не только по своей энергичной и властной натуре, но и по своим взглядам на значение церковной власти. «Священство выше царства, — говорил он. — Священство от Бога, помазание же на царство от священства»; «Господь Бог, когда сотворил землю, повелел двум светилам светить ей, солнцу и месяцу, и через них показал нам власть архиерейскую и царскую, солнцем — власть архиерейскую, месяцем — царскую»; в вещах мирских «царь и архиерей не выше один другого»; «в вещах же духовных архиерей великий выше царя». Говоря так, Никон не мог смотреть на себя иначе как на «великого государя» и не мог одобрять Уложения, которое ограничивало права духовенства и подчиняло духовенство в некоторых случаях «мирскому» светскому суду. Но притязания Никона не имели почвы в русском быту, так как на Руси духовенство никогда не ставило себя выше князей и царей и не искало мирской власти и прямого влияния на государственные дела. Поэтому Никон не нашел себе сочувствия не только в светском обществе, но даже и в духовенстве. Его стремление к особому возвышению патриаршеского авторитета приписывали его личной гордости и заносчивости, и собор согласно осудил Никона. Но когда греческие патриархи, составив по-гречески приговор над Никоном, поместили в его тексте утверждение о том, что патриарх должен быть во всем «послушлив» царю, то русские архиереи стали против такой мысли, как раньше стояли против притязаний Никона. Они находили, что истинный порядок должен быть таков, чтобы царь имел преимущество в государственных делах, а патриарх — в церковных. На этом, после споров, и решил собор. Однако мнение греческих иерархов о неправоте Никона и об общем превосходстве царской власти над патриаршеской было усвоено московскими государями; оно навсегда лишило церковную власть на Руси возможности в чем бы то ни было равнять себя с властью царской и подготовило в будущем полное подчинение церкви государству.
Не менее важным делом в церковной жизни в патриаршество Никона было исправление богослужебных книг и церковный раскол.
