Поглощение украинской церкви имперским духовным «истеблишментом» происходило параллельно ликвидации автономии Гетманщины. Переход украинской церкви под юрисдикцию московского патриарха состоялся в 1686 г. Некоторое время после этого православная церковь в Украине процветала. Ее школы были лучшими во всей империи. Прекрасно образованных украинских священников зазывали во все епархии России. Наконец, благодаря покровительству Мазепы, укрепилась экономическая база церкви. Но одновременно появляются признаки, не предвещавшие ничего хорошего. Уже в 1686 г. Черниговская епархия из-под юрисдикции киевского митрополита перешла в прямое подчинение Москвы. Чуть позже то же самое произошло и с Перяславской епархией.
Еще больше авторитет киевского митрополита был подорван между 1690 и 1710 гг., когда такие древние бастионы православия, как Львовская, Перемышльская и Луцкая епархии, в конце концов уступили польскому давлению и одна за другой подались в греко-католики. Но самый болезненный удар всей православной церкви был нанесен в 1721 г., когда Петр I ликвидировал Московский патриархат и основал Святейший Синод — бюрократическое учреждение, состоявшее из правительственных чиновников и церковных иерархов и управлявшее всеми делами церкви. Фактически это превращало православную церковь и в России, и в Украине в бюрократический придаток государства. Украинцы были глубоко вовлечены во все эти преобразования: Феофан Прокопович, ближайший советник Петра по церковным вопросам, поддерживал их, а Стефан Яворский, один из ведущих духовных мыслителей и деятелей империи, порицал.
Окончательный подрыв не только автономии, но и самобытности украинской церкви для торжествующего бюрократического централизма был лишь делом времени. В 1722 г. Синод назначил в Киев нового митрополита, Варлаама Вонятовича. Впервые, в нарушение древней традиции, митрополит был назначен, а не избран на соборе церковных иерархов. Но уже в 1730 г. этого митрополита сослали на далекий север, поскольку он упорно сопротивлялся нововведениям. Многие деятели российского духовенства, исполненные безоглядной ксенофобии, долгое время с подозрением относились к украинцам, считая их «зараженными» латинскими ересями. Теперь они получили возможность стричь всех под одну гребенку. Под предлогом искоренения еретических отклонений Синод вынуждал украинцев печатать книги, писать иконы, строить церкви по общероссийским образцам. В 1786 г. государству были переданы все церковные земли и церковь стала полностью зависеть от правительства в материальном отношении. К концу XVIII в. большинство церковных иерархов Украины были русскими или, во всяком случае, русифицированными. Утрачивались традиции и отличительные черты украинской православной церкви, ее личностная, более «западная» ориентация. Теперь она стала просто еще одним средством распространения имперской культуры.
В области среднего образования Левобережье могло похвалиться несколькими коллегиями, такими как Черниговская, Переяславская и Харьковская. Высшим образовательным учреждением в крае была Киево-Могилянская академия, получившая этот титул в 1701 г. Щедро субсидируемая Мазепой, она стала одной из лучших высших школ во всем православном мире. В десятилетие, предшествовавшее Полтавской битве, здесь ежегодно училось 2 тыс. студентов. Среди преподавателей академии были такие светила, как Иосафат Кроковский, Стефан Яворский, Феофан Прокопович. Те, кто осиливал строгую 12-летнюю программу обучения в академии, пользовался уважением во всей империи, и сами императоры охотно вербовали академических преподавателей и выпускников на высшие церковные и правительственные должности.
