В 1617–1618 годах поляки снова пытался силой взять Москву, и войско Владислава подошло к самой Москве, но польским жолнерам не было заплачено жалованье, и они, как это было принято, ушли домой. Владислав был вынужден вновь обратиться за помощью к запорожским казакам, на что польский сейм еще раньше выделил 20 000 злотых. Тогда запорожский атаман Петро Сагайдачный, собрав двадцатитысячное войско, двинулся на помощь полякам.
Следующим видным вождем украинского казачества стал гетман Петр Конашевич-Сагайдачный. Он родился в 1570 году в селе Кульчицы Перемышльской земли Руського воеводства (сейчас Самборского района Львовской области) в мелкошляхетской православной семье, учился в Острожской школе на Волыни. В конце XVI или самом начале XVII в. Петр Конашевич отправился в Сечь, участвовал в Молдавской и Ливонской кампаниях 1600–1603 гг. Уже в это время Сагайдачный проявил свои таланты военного лидера, казаки избрали его обозным, поручив ведать всей артиллерией Сечи. А в период между 1605 и 1610 гг. он становится во главе Сечи кошевым атаманом.
В этом качестве он совершил несколько удачных походов, когда его войска захватили много добычи. В одном из документов того времени говориться: «…А пришол он, пан Сагадачной, с черкасы под украинной город под Ливны, и Ливны приступом взял, и многую кровь християнскую пролил, много православных крестьян и з женами и з детьми посек неповинно, и много православных християн поруганья учинил и храмы Божия осквернил и разорил и домы все християнские пограбил и многих жен и детей в плен поимал…»
О том, как Сагайдачный стал гетманом, есть несколько версий. Так, в политическом памфлете, приписываемом архиепископу Георгию Конисскому, «История русов или Малой России» говорится, что «полки Малоросийкие… согласясь с Козаками Запорожскими, в 1598 году выбрали себе гетманом Обозного Генерального, Петра Конашевича Сагайдачного, и он первый начал писаться Гетманом Запорожским, а по нем и все бывшие Гетманы в титулах своих добавлятъ войско Запорожское начали». В других источниках указывается, что в 1606 году, не спрашивая поляков, казаки выбрали гетманом Сагайдачного, который «объявил себя Гетманом обеих сторон Днепра и всего Войска Запорожского».
В 1606 году запорожские казаки захватили турецкую крепость Варну, которая до того считалась неприступной. Было захвачено 10 турецких галер с продовольствием, товарами и экипажами. После этого разъяренный султан Ахмед I приказал перегородить Днепр около острова Тавани железной цепью, пытаясь заблокировать казаков и не пустить их в Чёрное море.
В 1607 году запорожцы провели большой поход на Крымское ханство, захватили и сожгли два города, Перекоп и Очаков. В следующем 1608 году и в начале 1609 года запорожцы во главе с Сагайдачным осуществили морской поход на 16 лодках-чайках, войдя в устье Дуная и атаковав Килию, Белгород и Измаил.
К счастью для Речи Посполитой, Турция была занята войной с Персией и не могла двинуть против северного противника значительные силы, однако татары из года в год нарушали границы Украины, жгли поселения, а население уводили в полон.
В 1609 году было решено послать на Украину королевских комиссаров, ибо, как отмечалось в решении «О запорожских казаках», «великое бесправие и своеволие делают те казаки… власти старост наших и панов своих не признают, но своих гетманов и другую форму справедливости своей имеет, из-за чего мещане наши из городов бегут… А наконец, самовольно, помимо воли и ведома нашего и наших военачальников, в скопища большие собираясь, совершают набеги на города в землях наших и на неприятельские замки, нарушая всеобщий мир и пакты, которые у нас с соседями нашими заключены» (
Впоследствии Сагайдачный трижды и надолго лишался гетманской булавы (1610, 1617, 1620 годы). Но в годы его правления они продолжали совершать набеги на территорию Крымского ханства и Турции.
В 1614 году казаки овладели Синопом, а через два года, в 1616 году, штурмом взяли хорошо укреплённую турецкую крепость Кафу (Феодосия), разгромив 14-тысячный гарнизон и освободив пленных. Кроме того, в том же 1616 году произошла Самарская битва, в ходе которой запорожские казаки под руководством Сагайдачного вблизи реки Самары практически полностью истребили крымских татар, возвращавшихся после набега на украинские земли.
Сагайдачный реформировал Сечь, что привело к повышению дисциплины и боеспособности казацкого войска. Он превратил партизанские отряды казаков в регулярное войско, устранил из войска вольницу, завёл суровую дисциплину, запретил пить водку во время морских походов, а за пьянство нередко даже «карав на смерть».
