Тем временем граф Иоаннис Каподистрия, уроженец острова Корфу, который отличился на русской дипломатической службе, был избран первым правителем Греции. В 1828 году он высадился в Навплии под восторженные крики толпы и взялся за решение труднейшей задачи — формирование правительства раздираемого склоками нового государства. Однако довольно быстро приветственные возгласы сменились недовольным ропотом, когда новый правитель с согласия Национальной ассамблеи временно отменил некоторые статьи конституции. Однако Каподистрия вкладывал всю душу в создание греческого правительства. Обещанная ему помощь держав-протекторов (Британии, Франции и России) оказалась довольно двусмысленной. Так как каждая из этих держав стремилась играть решающую роль в греческих делах, их отношение к Греции менялось от помощи до откровенной вражды и обратно. Каподистрия также столкнулся с ожесточенным сопротивлением местной знати, которая обнаружила, что ее привилегии и власть серьезно ограничены после создания центрального правительства.
Каподистрия признал решающую роль, которую сыграл Андреас Миаолис в ходе войны за независимость. Отважный идриот получил высшее морское звание, и все его амбиции оказались удовлетворены. Другой знаменитый герой революционных войн, Константинос Канарис, получил точно такие же почести. Многие видели в этом тайные происки Каподистрии, который стремился посеять семена раздора между моряками, так как, объединившись, они представляли собой серьезную политическую силу, которая могла противостоять власти Каподистрии.
Миаолис почти не интересовался политикой в первые месяцы правления Каподистрии. Он был занят искоренением пиратства в центральной части Эгейского моря. Он поднял флаг на «Элласе» и патрулировал этот район во главе своей эскадры. Его способности были еще раз продемонстрированы с блеском во время стремительной кампании, когда он атаковал базы пиратов и захватил более 80 кораблей. Он внес новый вклад в укрепление молодого государства, когда участвовал в освобождении Хиоса. Его опытные канониры отправили на дно турецкий фрегат. Позднее он установил морскую блокаду Миссолонги, которая вынудила турецкий гарнизон капитулировать. Над прославленным городом снова взвился греческий флаг. Это событие стало последней операцией Миаолиса в ходе войны за независимость. Одновременно оно стало символом окончания 400 лет турецкого ига.
Наверное вы удивитесь, узнав, что в ходе всей войны Миаолис не потерял ни одного корабля. Один из кораблей Спеце был захвачен турками, когда в сентябре 1821 года во время погони стих ветер. Однако его экипаж успел бежать. В том же году еще один греческий корабль пропал без вести в море. Мы не располагаем точными данными о потерях в личном составе, однако, по оценкам они не превышают 1000 человек убитыми. Совсем иначе обстояло дело у турок. Одни только брандеры Канариса уничтожили 4 крупных оттоманских корабля, на которых погибло более 3000 человек. Во время остальных операций греческих брандеров, а также в различных столкновениях турки и египтяне потеряли в общей сложности более 25000 человек.
Хотя Греция добилась независимости в 1830 году, Каподистрия обнаружил, что его положение стремительно ухудшается. Франция и Британия негласно поддерживали недовольных его правлением. Местное население некоторых районов изгоняло представителей правительства, что провоцировало месть со стороны людей, сохранивших верность Каподистрии. Начались политические казни.
В 1831 году остров Идра начал вести себя как государство в государстве, игнорируя распоряжения центрального правительства. Миаолис, уверившись, что политика Каподистрии ведет Грецию к катастрофе, поддержал сепаратистов. Сначала Каподистрия стремился к компромиссу, благородно предложив забыть бунт Идры, если жители острова сохранят верность правительству. Обнаружив, что его призывы к переговорам остаются без ответа, Каподистрия решил показать силу. Он приказал Канарису привести в порядок корабли греческого флота на верфях Пороса и установить блокаду мятежного острова. Однако губернатор Пороса не уследил за Миаолисом. Адмирал прибыл туда во главе двух сотен моряков и захватил все корабли. После этого он просто отправил Канариса назад с пустыми руками.
Напряжение постепенно нарастало. Оппозиция требовала созыва Национальной ассамблеи, чтобы снять запрет с отмененных статей конституции и ограничить власть Каподистрии. Сам Каподистрия обратился за помощью к командиру русской эскадры в Эгейском море адмиралу Рикорду. Он убедил Рикорда направиться на Порос и подавить мятеж. Рикорд вскоре пришел к заключению, что вести переговоры с Миаолисом бесполезно, и решил применить силу. Тем временем командиры британской и французской эскадр тоже направились к Поросу, чтобы соединиться с русскими. Они тоже осудили мятеж идриотов.
