Склеп для захоронений монархов и членов их семей расположен в подвале. Изначально на этом месте находились монастырь (он существует и сейчас, но посетители в него не допускаются) и церковь, построенные в начале XVII века при императрице Анне. Вместе со своим супругом Матиасом они в 1619 году начали сооружение первой усыпальницы, но обычай хоронить в ней умерших членов династии появился лишь в 1633 году, так как работы затянулись. За прошедшие века сводчатые залы крипты были расширены; к ним добавилась так называемая новая часть; саркофаги, большинство из которых обиты медью или серебром, были расставлены в хронологическом порядке. Сегодня здесь покоятся останки 12 императоров, 17 императриц и более чем ста эрцгерцогов и эрцгерцогинь. В их числе — Габсбурги и Габсбург-Лотаринги, но не все; некоторые члены династии нашли последний приют в других местах, и ниже мы расскажем почему. Не пройдите мимо монументального двойного саркофага в стиле рококо, который находится возле старого входа в крипту. Здесь похоронены Мария Терезия и ее супруг. Скульптор Бальтазар Молл, автор оформления усыпальницы Карла VI, начал работать над саркофагом в 1753 году, когда императорская чета была еще жива-здорова. Супруги изображены полусидящими на парадном ложе; они смотрят друг на друга, словно ведут вечный безмолвный диалог. Барельеф показывает картину их коронации. Над ними парит ангел с трубой, напоминая о грядущем Судном дне. По углам — увенчанные коронами черепа; увидев их в первый раз, невольно вздрогнешь. Но надо понимать, что члены Австрийского дома, часто посещавшие крипту, относились к этому как к подготовке к потусторонней жизни, поэтому их подобные скульптуры вовсе не шокировали. Из 139 гробов, установленных в императорском склепе, лишь один принадлежит не члену семьи — тот, в котором покоится графиня Фукс, гувернантка Марии Терезии. Императрица относилась к ней с таким почтением, что удостоила ее права быть похороненной в своем семейном склепе. Некоторые усыпальницы поражают своей простотой и скромностью, например гроб Иосифа II, особенно по контрасту с находящимся рядом роскошным черным саркофагом его родителей.
Не ищите здесь праха Карла V — он захоронен в Эскориале, близ Мадрида, или могилы эрцгерцога Франца-Фердинанда, убитого вместе с супругой в Сараево в 1914 году. Оба покоятся в склепе замковой церкви в Арштеттене, в 100 километрах к западу от Вены. Племянник и наследник Франца-Иосифа женился по большой любви на чешской аристократке; брак был морганатическим, и супруга эрцгерцога не могла быть похоронена в Склепе капуцинов. Поэтому обоих, павших первыми жертвами войны 1914–1918 годов, похоронили в замке на Дунае, где сегодня регулярно устраиваются очень интересные исторические экспозиции.
