В мае 1919 года в Киев приехал Ферсман, который только что первым (но далеко не последним) из учеников Вернадского был избран в Российскую академию наук. Он прибыл по официальному вызову Украинской академии наук для установления связей между учеными Питера и Киева. Ферсман сделал доклад на общем собрании и увез с собой все копии документов об учреждении новой академии. Мост установлен.
Многие оставили воспоминания о первом, весьма романтическом периоде Академии наук, созданной не в условиях благоденствия государства, как это обычно бывало в истории, а в период разрухи и смены властей. И все как один пишут о влиянии одной личности, внутренняя сила которой превозмогала все казавшиеся непреодолимыми трудности.
Как частица высокой энергии, пролетая сквозь заряженную среду, оставляет яркий след, так пронесся Вернадский сквозь напряженную национализмом украинскую жизнь. Во время образования нового государства, среди борьбы классов он сумел каждую перемену обратить на пользу культурной работе. Все созданные им учреждения действуют до сих пор, подтверждая таинственное свойство культуры и цивилизации распространяться, не теряя силы, и противостоять силам варварства и разрушения.
Одновременно столь же стремительно формировалась Национальная библиотека Украины. Известие о ней быстро распространилось по всей стране, и в библиотеку посыпались предложения о продаже больших и малых собраний. Кругом рушились усадьбы, разорялись бывшие дворянские гнезда. Многие покидали родину. И там, где еще сохранялась относительная стабильность, люди не чувствовали уверенности. Образовавшийся книжный центр занялся спасением книг и рукописей. Если их невозможно было вывезти, то владельцам выдавалась грамота. Так, он добился охраны для изумительной, как писали, лучшей на Украине коллекции чешуекрылых насекомых, библиотеки и лаборатории сахарного завода Симиренкова в Корсуни. Правда, это было уже при большевиках.
Вернадский часто выезжал, чтобы увидеть и оценить предлагаемое собрание, или посылал специалиста. И в самом Киеве, особенно с установлением в феврале советской власти, обнаружилось немало объектов спасения. Новые правители расформировали «идеологически чуждые» учреждения, и их книжные собрания целиком входили в библиотеку. Ученые спасли от расхищения огромную библиотеку 1-й Киевской гимназии — 100 тысяч томов, коллегии Павла Галагана — 9269 томов сочинений первой половины XIX века и 800 томов редких книг. Когда не представлялось возможным вывезти книги из закрытого коммунистами собрания, его оставляли на месте и оформляли как филиал. Так было и с уникальным собранием Киевской духовной академии, основу которой составляла библиотека Киево-Могилянской академии XVII–XVIII веков. Оно осталось в том же здании — памятнике архитектуры, одновременно взятом под охрану.
Национальная библиотека строилась как научная и одновременно — общедоступная. Она расположилась в здании 1-й Киевской гимназии. Теперь построено новое здание, а прежнее превратилось в филиал, а самой библиотеке присвоено имя Вернадского.
При восстановлении связей с Россией библиотека сразу обратилась ко всем схожим учреждениям, известив о своем возникновении, и предложила наладить книгообмен и присылку обязательных экземпляров книг, издающихся на Украине. По инициативе Вернадского собирались издания революционных лет вплоть до листовок, приказов, объявлений и рукописей. Большой бумажный поток стекался сюда со всех концов украинской круговерти.
В третьей комиссии — по высшей школе — ему хорошо помогал Борис Леонидович Личков. Молодой геолог интересовался широким кругом вопросов, а в 1914 году он выпустил философскую книгу под названием «О границах познания в естественных науках», которую Вернадский с интересом прочитал. Деловое сотрудничество переросло у них в более тесное задушевное общение. Отныне вся дальнейшая судьба Л ичкова будет связана с Вернадским.
Работа между тем шла по преобразованию Киевского университета Святого Владимира в Государственный университет имени Шевченко. Открыты университет в Екатеринославе и некоторые другие учебные институты.
Осенью 1918 года удалось наладить даже эксперименты по живому веществу. По его запросу только что формально созданная, но еще не действующая академия выделила своему руководителю небольшую сумму для опытов. Как записано в протоколе: ассигновано 59 400 карбованцев «для науковой праци про значности живой матерш и геохимш».
Единственной приличной, хорошо оборудованной лабораторией оказалась лаборатория Союза сахарозаводчиков, которой руководили профессора C. Л. Франкфурт и А. И. Душечкин. Вернадский увлек идеями некоторых молодых сотрудников, и опыты начались, причем в самые смутные дни наступления на Киев петлюровских войск.
Опыты касались в основном химического состава живых организмов. На целое столетие, писал он, наука отстала в выяснении состава и соотношения различных химических веществ в организмах от познания неживых тел. Особенно на атомном уровне.