Первоначально рукопись была пронумерована самим Симеоном по тетрадям (чернилами, буквами кириллической азбуки). Тетрадь с текстом «Предисловия"» не входит в счет пронумерованных им тетрадей, поскольку была присоединена позже к уже готовому корпусу стихов. Сигнатурой охвачены 52 тетради (что соответствует в рукописи л. 4—420) — таков объем изначального блока стихотворной книги. Впоследствии он дополнялся и разрастался.
Сигнатура занимает, как правило, середину нижнего поля. В некоторых случаях очевидно, что тетради нумеровались после того, как были заполнены текстом. Так. в тетрадях 24-й и 42-й номера написаны вкрай листа, у обреза, поскольку нижнее поле занято текстом стихов; в тетради 33-й номер проставлен не в середине нижнего поля, как обычно, а у корешкового сгиба; номер тетради 52-й — на боковом поле у внешнего края; номер тетради 5-й обозначен на л. 37. поскольку л. 36. с которого начинается данная тетрадь, несколько короче остальных. Начиная с л. 421, сигнатура отсутствует.
Несколько из дополнительно присоединенных Симеоном тетрадей имеют пагинацию, проставленную им в нижних внешних углах листов; с 1 до 35 страницы (470—487 об.) и с 1 по 32 страницу (508—523). что свидетельствует об очередном этапе авторской работы над составом «Вертограда».
Сигнатуры оказалось недостаточно, когда Симеон решил систематизировать стихи при помощи алфавитного указателя, и тогда в верхних углах листов С. Медведев сделал своим изящным каллиграфическим почерком постраничную разметку славянской цифирью вплоть до «Регистра» — 969 страниц (=487 об.).
Л. 277 (с вклейками) и л. 278 (без текста на лицевой стороне) помечены им одинаково как с. 549. Между л. 278 и 279 находились два листа (то есть четыре страницы), впоследствии вырезанные, о чем можно судить по оставшимся от них следам, а также по пагинации С. Медведева; после с. 550 (=278 об.) на следующем далее листе (279) проставлена с. 555. Следовательно. страницы 551—554 уже отсутствовали к моменту, когда рукопись была пронумерована в XLX в. В рукописи недостает еще двух листов между л. 280 и 281. которые помечены С. Медведевым соответственно как страницы 557—558 и 563—564, из чего следует, что отсутствуют с. 559, 560, 561, 562.
Все листы рукописи были подмочены, особенно пострадали листы с текстом «Предисловия» и первых пяти тетрадей, имеются следы подтеков у внешнего и корешкового полей. Листы 181, 412 надорваны; л. 181 был реставрирован с оборота еще до написания текста (по месту склейки проходит разделительная черта между стихотворениями); л. 183 также подклеен полоской бумаги с лицевой стороны (внизу). Двойной лист 305, 308 имеет следы сгиба в середине по вертикали и горизонтали, что свидетельствует о том, что ранее был сложен вчетверо.
В рукописи имеются вклейки на листах 115 об.. 255. 277 (сверху и снизу). Л. 278 форматом в 2° вклеен (внизу надорван и реставрирован), к нему у корешкового сгиба подклеен л. 279; к л. 307 приклеен лист с текстом стихотворения «Образов Пресвятыя Богородицы подписания»; листы 444. 474, 487 приклеены у корешкового сгиба к предыдущим листам.
Листы 276. 303. 304. 308. 430. 466—469 без текста.
Последние десять листов (548 + I-IX) состоят из пяти пар неразрезанных листов. Лист, пронумерованный римской цифрой I первого счета, а также л. 3 выпадают.
Бумага рукописи. В автографе бумага с водяными знаками четырех типов; голова шута, герб Амстердама, герб-перевязь, двуглавый орел[131].
