За годы работы в ВИРе и в университете Левитский создал самобытную школу цитогенетиков растений, воспитал много учеников, разъехавшихся по всей стране. Им были опубликованы книги и много экспериментальных статей. 29 марта 1932 года Левитский был избран членом-корреспондентом АН СССР. Как рассказано выше, в 1933 году он был арестован органами ОГПУ, но в ходе допросов не согласился ни с одним из пунктов чекистских "доказательств" и был приговорен к трем годам административной ссылки, Однако срок был скощен. Левитский был едва ли не единственным, кто тогда на следствии не выронил ни одного слова осуждений в адрес коллег и друзей, не высказал подозрений ни против кого, никого не оговорил. Ему нечего было после этого стесняться или бояться, и возможно поэтому он -- единственный из всех арестованных специалистов ВИРа -- вернулся туда работать, как только в 1933 году Прокуратура СССР решила его реабилитировать и разрешила выбраться из Западной Сибири. С 1934 года он стал профессором кафедры Карпеченко в университете. В 1937 году его арестовали, но быстро выпустили.
Пока шла непрекращавшаяся дискуссия с лысенковцами -- в частности, и на IV-й сессии ВАСХНИЛ в 1936 году, и на совещании в редакции журнала "Под знаменем марксизма" в 1939 году -- Левитский был сильным критиком взглядов лысенковцев, спокойно, а порой саркастично приводившим аргумент за аргументом, факт за фактом. Соответственно относились к нему и "мичуринцы". Уже встречалась выше фамилия Соколова -- директора Детскосельской лаборатории ВИР. Вот, что он написал в характеристике на Левитского, направленной по партийным каналам в середине 30-х годов:
"...крайне самолюбив, резок в выступлениях, часто переходящих в антисоветские. Например, по докладу Презент в частном разговоре с т. Сизовым дал оценку диалектическая трескотня, а не методология. Для подготовки кадров не стремится подобрать советскую молодежь, а подбирает "подходящих", т. е. из бывших людей. В общественно-политической работе участие сейчас принимает крайне слабое" (101).
Ученики Левитского действительно были замечательными специалистами, но к 1938 году уже четверо из них пребывали в заключении (Н.П.Авдулов, Б.А.Вакар, В.П.Чехов, Я.Е.Элленгорн), а самый талантливый, учившийся у Левитского еще в Киеве, затем переехавший к Филипченко -- Ф.Г.Добржанский был вынужден остаться в США (стать невозвращенцем).
В 1991 году дочь Левитского Надежда Григорьевна смогла познакомиться со следственным делом отца. Выяснилось, что постановление на арест заключало в себе длинную выдержку из показаний, данных в 1933 году Писаревым, в 1937 году -- Л.С.Марголиным, в 1940 и 1941 годах Вавиловым, отрывки из донесений секретных осведомителей НКВД -- сотрудника ВИР Ф.К.Тетерева и ст. инспектора сектора кадров ВАСХНИЛ Колесникова. Как доказательства его вражеского отношения к советской власти фигурировали такие пассажи:
"В марте 1938 г. Левитский заявил... "Теперь вообще принято цитировать только Дарвина, а когда-то цитировали только Аристотеля"".
22 марта 1932 г. Левитский... говорил: "Науку нельзя смешивать с политикой".
В ноябре 1939 г. Левитский... сказал: "Докладчик напрасно хочет смешать науку с политикой -- нельзя аргументировать политическими идеями в пользу научной теории"" (102).
После ареста Левитскому были предъявлены обвинения по статьям 58-7 и 58-11 Уголовного Кодекса РСФСР ("Подрыв государственной промышленности, транспорта, торговли, денежного обращения или кредитной системы, а равно кооперации, совершенный в контрреволюционных целях..." и "Пропаганда и агитация, содержащие призыв к свержению, подрыву или ослаблению Советской власти..."), каравшиеся расстрелом. Содержали его в тюрьме в Златоусте и на допросы вызывали всего шесть раз (29 июня, 5 июля, 21 декабря 1941 г., 4 января, 21 и 22 марта 1942 г.). От всех инкриминируемых ему обвинений он отказался на первом же допросе и стойко удержался в этой позиции до конца, а на четвертом допросе решил применить "научный подход", попросил дать ему бумагу и ручку и в течение почти девяти часов написал на восьми страницах убористым почерком объяснение по поводу всех предъявленных обвинений. Он начал с того, как был приглашен Вавиловым в институт, какие задачи выполняла его лаборатория, что собой представляет наследственный аппарат клеток (описал хромосомы) и как они определяют развитие клеток. Серьезно, без попыток упрощения Левитский изложил следователям свое понимание применения цитогенетических методов к изучению полезных растений в сельскохозяйственных исследованиях, показывая, что никакого вредительства в этом нет. Пожалуй, такого логичного, научно строгого и в то же время стилистически уважительного по отношению к следователям произведения никто из вировцев, проходивших по делу Вавилова, не догадался сделать. Столь же убедительно он отвел политические обвинения, сделанные против него ранее осужденными Писаревым, Бондаренко и другими. Так, на обвинения Писарев