Вавилов пытался представить дело так, что Карпеченко примкнул к его антисоветской деятельности на самом раннем этапе, уже в 1931 году. Это было выгодно и следователям НКВД, так как задним числом оправдывало их сигналы руководству страны и прежде всего Сталину, начатые именно в 1930-1931 годах. Однако Карпеченко эту версию отверг. Через четыре месяца после ареста, в ночь с 25 июня 1941 года на 26 июня, была устроена очная ставка между ним и Вавиловым, продолжавшаяся полтора часа. Краткая запись о ней содержится в следственных делах обоих арестованных. Из нее видно, что Карпеченко соглашался лишь на то, что он был вовлечен Вавиловым в антисоветскую работу, но только в 1938 году, а Вавилов повторял, что вовлек его в 1931-1932 годах. Проводивший очную ставку Хват спросил Карпеченко:
"Почему вы скрываете истинную дату установления антисоветских связей между вами и Вавиловым?" (92).
Карпеченко ответил:
"Я настаиваю на своих показаниях о том, что к антисоветской работе я был привлечен Вавиловым только в 1938 году" (93).
От обвинений в шпионаже он вообще решительно отказался на первом же допросе и продолжал держаться этой линии до конца следствия. Хотя Вавилов также отказывался от версии шпионажа, в его обвинительном заключении шпионаж фигурировал. Видимо Карпеченко был более настойчивым в отвергании подозрений в шпионаже, так как в его обвинении, утвержденном "судом" в тот же день, что и у Вавилова, Говорова и Бондаренко, значились только обвинения по статье 58, подпункты 1а, 7, 10 и 11: "участие в антисоветской вредительской организации, существовавшей в ВИРе, подрывная работа в сельском хозяйстве и антисоветские связи с заграницей".
О том, что во время следствия из Карпеченко вырывали признания под пытками, можно судить по обнаруженному в его деле заявлении суду:
"Предъявленное мне обвинение понятно, но виновным в этом себя не признаю. На предварительном следствии я признал себя виновным во всех предъявленных мне обвинениях под влиянием следственного режима" (/94/, выделено мной -- В.С.).
От своих показаний на суде отказались также Говоров и Бондаренко. Все участники дела были приговорены к расстрелу, и хотя Карпеченко, как и Вавилов, направил в Верховный Совет СССР просьбу о помиловании (в отношении Вавилова вопрос был решен положительно), Карпеченко был расстрелян 28 июля 1942 года.
К посмертной реабилитации Карпеченко органы Прокуратуры и КГБ приступили только после смерти Сталина. 24 октября 1954 года жена расстрелянного ученого направила просьбу об этом в Прокуратуру СССР. Одновременно многие ученые отправили свои письма с просьбой признать, что Георгий Дмитриевич был осужден неправильно и оправдать его. О пересмотре дела ходатайствовали П.А.Баранов, Ф.Х.Бахтеев, А.К.Ефейкин, А.С.Каспарян, А.Н.Лутков, В.В.Светозарова, О.Н.Сорокина, В.Н.Сукачев, Н.А.Чуксанова. В Прокуратуру был вызван в качестве свидетеля А.Р.Жебрак, который дал письменное показание, что Карпеченко был истинным патриотом своей страны, крупным ученым, подтвердил, что во время пребывания вместе с Жебраком в США в лаборатории Моргана Карпеченко вел себя безукоризненно. Жебрак также написал, что видит одну причину преследований Карпеченко -- "его резко отрицательное отношение к Лысенко". Из прокуратуры запросили президиум ВАСХНИЛ, а оттуда вице-президент ВАСХНИЛ М.А.Ольшанский обратился в дирекцию ВИР, чтобы та дала свои заключения по давно законченному "Следственному делу Карпеченко Г.Д.". Из ВАСХНИЛ в Прокуратуру поступил ответ Лысенко, уже данный чуть раньше по поводу начавшегося дела о реабилитации Вавилова. Подписанный Лысенко и, судя по корявости построения фраз, им же написанный ответ гласил:
"С некоторыми теоретическими биологическими взглядами Н.И.Вавилова, как и с рядом других ученых, я был и остаюсь несогласным, как и эти ученые [уже мертвые, sic!] несогласны со мной. Но эти несогласия никакого отношения к следственным, судебным органам не имеют, так как по своему характеру они не являются антигосударственными. Они направлены на выявление истины в биологической науке"(95).