В конце сентября 1941 г. были получены данные о том, что в некоторых штабах частей ВВС, в разведывательных отделах, на радиоузлах и связи противник располагает своей агентурой, которая ориентирует его о перегруппировках и перемещении частей авиации, подготовляемых командованием к операциям, авиационном строительстве и вооружении. Поэтому 2 октября 1941 г. зам. нач. ОО НКВД Брянского фронта ст. майор ГБ П.Г. Бегма предложил всем ОО НКВД авиационных дивизий и районов авиационного базирования «немедленно в штабах управления ВВС армий, дивизий, отдельных авиаполков, эскадрилий и районов авиационного базирования организовать тщательное агентурное изучение всех категорий военнослужащих и вольнонаемного состава, работающего или имеющего отношение к работе штабов, разведывательным и шифровальным отделам, радиоузлов и средств связи… В штабах организовать тщательное наблюдение за учетом, прохождением, хранением и пользованием документами особой важности. На радиоузлах агентуру направить на вскрытие и предупреждение возможностей использования радиосредств в шпионских целях».
Военная информация противника в значительной степени, а в некоторые периоды даже в большей своей части базировалась на радиоразведке. Поэтому в борьбе с агентами абвера, снабженными радиостанциями, органы госбезопасности использовали радиоконтрразведывательную службу. Она постоянно контролировала работу вражеских радиостанций, в ряде случаев расшифровывала коды, определяла районы, откуда немецкие агенты вели радиопередачи. Специальные оперативные группы осуществляли розыск диверсионных групп и отдельных агентов. 4 сентября 1941 г. Абакумов дал указание нач. ОО Брянского фронта Бегме оказать содействия группе по ликвидации вражеских радиостанций[941].
В поддержании режима секретности и сохранения военной тайны значительных успехов достигла высокочастотная связь (ВЧ). Уже первые события войны поставили военно-политическое руководство перед необходимостью создания системы правительственной полевой связи как специфической инфраструктуры, функционирующей в интересах организации засекреченной телефонной связи в оперативно-стратегическом звене управления.
В июне-июле 1941 г. было уничтожено много ценного оборудования ВЧ-станций. Во Львове ввиду быстрого приближения противника, аппаратуру уплотнения и засекречивания уничтожили сами чекисты группы ВЧ-связи. В Виннице, Минске и Днепропетровске оставшееся оборудование взорвано спецгруппами НКВД, а в Полтаве сожжено вместе со зданием УНКВД. Погибла под бомбами гродненская ВЧ-станция и т. д. В связи с эвакуацией были ликвидированы ВЧ-станции в Витебске, Барановичах, Дрогобыче, Луцке, Ровно, Станиславе, Житомире, Смоленске, Риге и других западных городах СССР.
В октябре 1941 г. из-за особой значимости ВЧ-связи Ставки ВГК с фронтами и армиями ее организация в полной мере была возложена на НКВД СССР. Приказом НКВД № 001430 от 2 октября 1941 г. правительственная ВЧ-связь выделена в самостоятельную структуру в рамках наркомата – Отдел правительственной связи (ОПС) НКВД СССР, который возглавил М.И. Ильинский.
Основное содержание работы вновь созданного Отдела составили организация бесперебойной правительственной ВЧ-связи с действующими фронтами, а также с республиканскими и областными центрами тыловых регионов страны; разработка и оснащение фронтовых и тыловых пунктов правительственной связи специальной аппаратурой, оборудованием и необходимыми материалами; создание аппарата правительственной связи в центре и на периферии.
Следует отметить, что сам факт создания Отдела правительственной связи носил характер государственной тайны. Всем документам, относящимся к его организации и функционировании, присваивался гриф «совершенно секретно». Таким образом, был решен (в организационном отношении) вопрос об ответственности за организацию засекреченной связи в высших звеньях военного управления. К началу 1942 г. отделы правительственной связи были сформированы на десяти действующих фронтах[942].