Противоречия между гражданской и военной разведками не могли не всплыть наружу. Для содействия нормализации внутриведомственных отношений решением президента Эйзенхауэра урегулирование конфликтной проблематики переносилось из повестки заседаний СНБ в ЦРУ. Параллельно в 1955 году скорее для видимости прозрачности принимаемых решений двумя директивами № 5412/1 и № 5412/2 было принято решение о формировании специального комитета при СНБ по разведке (Комитет 5412, или Группа 54/12) с включением в него представителей президента, государственного секретаря, директора ЦРУ и министра обороны, отвечающего за военную разведку. Тем самым Белый дом по рекомендации А. Даллеса пытался задобрить военных, претендовавших на более активное участие в обеспечении принимаемых политических решений. Однако военные время от времени демонстрировали свое несогласие с теми или иными акциями ЦРУ. Так, например, когда в 1954 году А. Даллес решил поддержать своего ставленника на пост руководителя западногерманской спецслужбы, завербованного еще в годы войны высокопоставленного сотрудника гитлеровской разведки генерала Р. Гелена, начальник разведки сухопутных войск США генерал-лейтенант А. Трюдо выступил резко против, указав на то, что Гелен в прошлом был активным нацистом. Американского генерала поддержали министр обороны США Ч. Уилсон и Комитет начальников штабов. Но авторитет Даллеса был настолько высок, что дело закончилось снятием со своего поста генерала Трюдо и назначением Гелена на искомую должность.
Деятельность ЦРУ наряду с работой других органов исполнительной власти постоянно являлась объектом расследования различных комиссий. В составе так называемой большой комиссии, работавшей в 1955 году и возглавлявшейся бывшим президентом США Г. Гувером, во главе оперативной группы по изучению деятельности разведки был поставлен генерал М. Кларк. Одной из рекомендаций комиссии было положение о необходимости усиления контроля над ЦРУ путем создания постоянной объединенной комиссии Конгресса по разведке. В ответ президент Д. Эйзенхауэр, формально отвергнувший эту рекомендацию, создал в 1956 году Совет по разведывательной деятельности (СРД), включив в него в том числе и военных. Однако совет, хотя в целом и находился под контролем президентской администрации, время от времени высказывал негативное мнение в отношении того, что ЦРУ «не всегда следует рекомендациям Государственного департамента, затрудняя таким образом внешнеполитическую деятельность руководства страны» [5, с. 90]. С другой стороны, указывает известный американский историк спецслужб А. Шлезингер, ЦРУ в период своего становления почти всегда находило союзника в лице Пентагона и подчиняющейся ему военной разведки [18, рр. 443, 458]. Руководимое Даллесом ЦРУ, подчеркивает другой американский исследователь Г. Розитцке, на протяжении всех 50-х годов брало на себя ответственность за проведение полувоенных подрывных акций, тем самым выручая военных, не желавших привлекать к себе излишнего внимания [17, р. 155].
Однако на рубеже 50-х — 60-х годов период относительного спокойствия в формате отношений ЦРУ — военная разведка закончился. Такие видные деятели военной разведки, как адмирал С. Сауэрс, генерал ВВС Х. Ванденберг, адмирал Р. Хилленкоттер и генерал Б. Смит, в совместном заявлении констатировали, что разведка должна быть прежде всего обеспечивающим органом вооруженных сил, снабжая их необходимой для ведения военных действий информацией, а не подменять ВС как боевую силу и тем более не вмешиваться в политику. Высказывались опасения, что увлечение разведки политическими интригами затруднит решение военных проблем, снизит достоверность необходимой для ВС информации. В конце концов военные разведчики, по сути, из всех организаций министерства обороны США высказали пожелание иметь свою централизованную структуру управления, независимую от ЦРУ. В свою очередь, Даллес не без основания полагал, что в случае централизации управления военной разведкой руководящий ею новый орган с неизбежностью встанет на одну ступень с ЦРУ, а его руководитель автоматически будет иметь прямой доступ к президенту, минуя главу ЦРУ. Более того, авторитет нового органа возрастет и в связи с тем, что централизованно обработанная информация технических средств военной разведки, представленная руководству страны, будет качественно более высокого уровня, чем полученная от аналогичных, но более ограниченных по своим возможностям источников, подведомственных ЦРУ.
