После боев с передовыми подразделениями немецких войск на границе остатки личного состава пограничных застав и комендатур отошли на рубеж обороны войск прикрытия, находящийся на удалении 3 - 5 километров восточнее государственной границы. Этот рубеж не имел сплошной линии фронта и оборонялся передовыми подразделениями, выделенными от стрелковых дивизий первого эшелона войск прикрытия. Во время боев застав на второстепенных направлениях ударов войск вторжения, на рубеж прикрытия успели выйти в полном составе и развернулись части и соединения Красной Армии: 6 кд 10 А Белорусского особого военного округа, 45 сд 5 А, 3 кд, 41 и 97 сд 6 А, 99 сд 26 А Киевского особого военного округа, которые задержали на некоторое время движение войск противника. На этом же рубеже отходящие по приказу пограничные подразделения были переформированы в стрелковые взводы и роты, перешли в оперативное подчинение, а фактически влились в состав войск прикрытия, и получили боевые задачи от общевойсковых начальников. В составе этих войск пограничные части вели боевые действия противником в течение всего периода приграничных сражений и боев.
Как пример успешных действий пограничных подразделений можно привести участие в обороне города-порта Либава, участие в героической обороне Брестской крепости, участие в первой удачной контратаке и в освобождении города Перемышль.
На границе с Румынией и на границе с Финляндией обстановка для наших войск в первые дни войны была более благоприятной, чем на участке советско-германской государственной границы. На советско-румынском участке границы противник в июне наступательных действий крупными силами войск не предпринимал, а финские войска активные боевые действия начали только в конце июня. Это позволило военному командованию в сравнительно спокойной обстановке привести войска в боевую готовность, выдвинуть их на оборонительные рубежи и более организованно встреть удары вражеских войск.
22 июня, после нанесения ударов артиллерией по отдельным объектам, противник предпринял попытки многочисленных переправ с румынской территории через пограничные реки своих передовых подразделений с целью захвата мостов и плацдармов, но везде они были встречены организованным огнем пограничников. Бои застав повсеместно были поддержаны огнем артиллерии и контратаками рот и батальонов войск прикрытия Красной Армии. Наступающим немецким, румынским и венгерским передовым частям были нанесены большие потери в живой силе и они повсеместно возвратились на исходные рубежи. Основные бои происходили около железнодорожных и шоссейных мостов через реку Прут, в целях недопущения их использования противником они были взорваны.
Характерной особенностью обстановки на этом участке фронта в июне 1941 года было ведение не только оборонительных, но и наступательных действий советских войск с высадкой десантов в Румынию. 23, 24, 25 июня пограничники Измаильского отряда совместно с отрядом пограничных судов, охранявшими государственную границу СССР по реке Дунай, провели успешные десанты на румынскую территорию. В некоторых десантах принимали участие подразделения 51 стрелковой дивизии. Окрыленные этими успешными действиями, Военный Совет и Командующий 9 армией решили осуществить крупный десант с захватом румынского города Килия-Веке, где находились артиллерийские батареи, препятствующие действиям советских кораблей на Дунае. Командование десантом было поручено моряку-пограничнику капитан-лейтенанту Кубышкину И. К.
В ночь на 26 июня корабли Черноморского отряда пограничных судов высадили на румынский берег подразделения погранотряда, усиленные подразделениями 23 стрелкового полка 51 сд, которые с ходу атаковали позиции румынских войск. Противник яростно сопротивлялся, но к 10 часам утра десантники захватили плацдарм шириною до 4 километров и глубиной до 3 километров, разгромив румынский пехотный батальон, погранзаставу и уничтожив артиллерийский дивизион. В течение 27 июня противник почти беспрерывно атаковал десантников, но советские воины, поддержанные артиллерии пограничных судов, успешно отражали эти атаки, что позволило вывести советские военные, транспортные и пассажирские суда, находившиеся на Дунае, из под вражеских ударов и исключить возможность захвата их противником. В ночь на 28 июня по приказу командования советский десант возвратился на свой берег.
