В начале 1945 года было уже семь ОКР «Смерш» округов внутренних войск и 18 — пограничных округов. Отделы контрразведки «Смерш» НКВД по охране тыла фронтов постоянно переформировывались в соответствии с упразднением, образованием или переименованием фронтов. Весной 1945-го они были реорганизованы в ОКР «Смерш» НКВД по охране тыла Группы советских оккупационных войск в Германии, Северной, Центральной и Южной групп войск.
Особое внимание уделялось контрразведывательному обеспечению войск по охране тыла действующей Красной армии — самым многочисленным в системе войск НКВД. Они находились в непосредственном соприкосновении с частями РККА, активно привлекались военной контрразведкой для заградительных мероприятий, охраняли важные объекты, коммуникации и линии связи, участвовали в боевых операциях против немецких войск. Их использовали для обеспечения порядка и спокойствия в тылу, проведения оперативных мероприятий по ликвидации просочившихся через фронт немецких подразделений и бандгрупп, для выявления и задержания вражеской агентуры на освобождаемых территориях.
Повышенные требования предъявлялись к пограничникам — не только к их боевой выучке, но и к морально-волевым качествам. Пограничная служба была нелегкой даже на рубежах тех сопредельных государств, где не велись военные действия — на границах с Маньчжурией, Турцией, Ираном и Афганистаном происходили многочисленные вооруженные провокации, забрасывались шпионы и диверсанты. Контрразведка НКВД решительно пресекала в погранвойсках любые противоправные действия, тщательно проверяла оперативную информацию о лицах, вынашивавших изменнические или дезертирские намерения, оперативным путем изучала военнослужащих, до призыва проживавших на оккупированной территории, побывавших в плену или в окружении. Чаще всего реализация оперативных материалов проводилась путем информирования командования и перевода неблагонадежных военнослужащих в другие войска НКВД или части армии. В течение 1943 года — первой половины 1944 года по информации отделов «Смерш» из погранвойск было откомандировано свыше 1500 военнослужащих.
Всего же, в соответствии с решениями, принимаемыми контрразведчиками совместно с командованием, только в 1944 году из войск НКВД было откомандировано около десяти тысяч человек, в том числе более 450 офицеров.
В результате оперативно-разыскной деятельности органов контрразведки «Смерш» НКВД за период с мая 1943-го по август 1944 года в войсках НКВД и их окружении были выявлены 293 изменника Родины, 100 подозреваемых в шпионаже, 76 пособников немецких оккупантов, 356 дезертиров и 58 человек, вынашивавших террористические намерения. Кстати, по всем «громким преступлениям», совершенным в войсках и учреждениях НКВД, направлялись доклады наркому. Сотрудникам органов контрразведки было предоставлено право арестовывать подозреваемых в преступной деятельности военнослужащих и связанных с ними лиц — при этом арест рядовых военнослужащих и младших офицеров согласовывался с военными прокурорами, а старшего и начальствующего состава осуществлялся только с санкции самого Л. П. Берии. Его реакция на чрезвычайные происшествия была незамедлительной, и меры, как правило, принимались самые решительные.
«Помимо оперативной работы в войсках НКВД, отделы — отделения “Смерш” осуществляли контрразведывательное обеспечение учреждений внутренних дел в НКВД республик, УНКВД краев и областей — милиции, пожарной охраны, местной противовоздушной обороны, дорожно-строительных подразделений, архивов, военторгов и других. Особое внимание обращалось на подбор, изучение и проверку персонала всех структурных подразделений органов внутренних дел.
Много забот добавилось контрразведчикам при организации органов НКВД на освобожденных территориях. Как и в довоенное время, на уровне среднего и младшего звена они в основном комплектовались из местного населения. Между тем в таких районах немецкие разведывательные и контрразведывательные органы оставляли на оседание большое количество агентуры, причем не только для сбора информации и проведения диверсионно-террористических актов, но и целенаправленно, для внедрения в местные органы управления и в войска НКВД.
В результате проведения оперативно-разыскных мероприятий отделами контрразведки “Смерш” в течение января-августа 1944 года в учреждениях и подразделениях НКВД было арестовано 704 человека: 22 — по подозрению в шпионаже, 14 изменников Родины, 94 предателя и пособника немецких оккупантов, 23 — за службу в немецкой полиции, 102 дезертира, 149 — за антисоветскую, пораженческую и прочую “контрреволюционную деятельность”. По материалам органов “Смерш” из органов НКВД было уволено 2512 человек, понижено в должности, в том числе и за совершение всевозможных проступков, 354 человека, на 756 сотрудников и военнослужащих, совершивших должностные преступления, материалы были переданы в особые инспекции кадровых аппаратов НКВД — УНКВД»[279].