Флотские чекисты решали те же задачи, что и их коллеги из «Смерш» НКО, но, разумеется, со своими особенностями. В частности, комплекс оперативных мероприятий проводился контрразведчиками после освобождения военно-морских баз в Новороссийске, Севастополе, Одессе, Таллине, Риге и Лиепае, где гитлеровцы оставляли на глубокое оседание квалифицированную и подготовленную агентуру. В 1944–1945 годах они вели оперативную работу на кораблях и в частях флота, дислоцировавшихся в местах бывших баз противника на территориях Германии, Финляндии, Румынии, Болгарии и Кореи — агентуры, оставляемой на длительное оседание, было там гораздо больше.
Немалое беспокойство сотрудникам флотской контрразведки причиняли также союзники, разведки которых имели возможность вести работу с легальных позиций — причем не только в составе военно-морских миссий, о чем мы уже рассказывали. Так, на Северном флоте дислоцировались отдельные авиационные части, группы надводных и подводных кораблей Великобритании — установлено, что среди их личного состава были профессиональные разведчики. К тому же за период войны более 35 тысяч военнослужащих ВМФ СССР посетили порты США и Англии в составе команд кораблей, передаваемых нашей стране по ленд-лизу — вербовочные подходы к морякам осуществлялись достаточно часто.
Военная контрразведка в войсках НКВД относилась к Наркомату внутренних дел при всех своих реорганизациях.
Когда в начале 1941 года особые отделы были переданы из состава ГУГБ НКВД в ведение НКО и НК ВМФ в виде третьих управлений, в Наркомате внутренних дел СССР также был создан 3-й отдел — для контрразведывательного обеспечения пограничных и внутренних войск НКВД, пожарной охраны и милиции, напрямую подчинявшийся Л. П. Берии.
В июле 1941 года 3-й отдел НКВД вошел в состав Управления особых отделов в качестве 6-го отдела, причем в нем был сохранен принцип построения структуры контрразведывательных подразделений в НКВД СССР. 19 апреля 1943 года он, оставаясь в системе наркомата, был преобразован в Отдел контрразведки «Смерш» НКВД СССР, подчинявшийся опять-таки лично наркому. Возглавил его С. П. Юхимович, которого в мае 1944-го сменил В. И. Смирнов.
«В ходе реорганизации военной контрразведки в апреле 1943 г. 6-й отдел бывшего УОО НКВД СССР, оставаясь в системе наркомата, был преобразован в самостоятельный Отдел контрразведки (ОКР) “Смерш” НКВД. Его главной задачей являлась борьба за чистоту рядов органов НКВД, пользовавшихся повышенным вниманием спецслужб противника».
«В начале 1945 г. в составе органов контрразведки “Смерш” НКВД СССР было уже семь ОКР “Смерш” округов внутренних войск и восемнадцать ОКР “Смерш” НКВД пограничных округов… Отделы контрразведки “Смерш” НКВД по охране тыла фронтов постоянно переформировывались в соответствии с упразднением одних или переименованием других фронтов».
К августу 1943 года в структуру органов контрразведки наркомата входили ОКР «Смерш» НКВД СССР, 12 отделов контрразведки «Смерш» охраны тыла фронтов, отделы «Смерш» Украинского и Северо-Кавказского округов внутренних войск, десять отделов «Смерш» погранокру-гов, самостоятельные отделы «Смерш» в 1-й мотострелковой дивизии и Отдельной мотострелковой бригаде особого назначения войск НКВД. Кроме того, было создано ОКР «Смерш» НКВД в Москве, Куйбышеве (Самаре), Новосибирске и Свердловске (Екатеринбурге), где находились большое количество особо важных предприятий промышленности и крупные железнодорожные узлы.
