После окончания войны со 2-й антифранцузской коалицией и заключения Люневильского мира (9 февраля 1801 года) в армии постепенно стало нарастать недовольство политикой Наполеона, стремившегося к ликвидации республиканской формы правления и установлению режима личной власти. Сохранившие верность республиканским принципам генералы и офицеры французской армии переживали это крайне болезненно. Складывалось что-то вроде «военной оппозиции», неформальное лидерство в которой приписывали генералам Журдану и Бернадоту. Ожеро также оказался среди недовольных. Вместе с некоторыми другими военачальниками он резко выступил против подписания Наполеоном религиозного конкордата с папским престолом (15 июля 1801 года). На следующий день после первого торжественного богослужения в соборе Парижской Богоматери в присутствии консулов, высших сановников и генералов Наполеон спросил Ожеро, понравилась ли ему вчерашняя торжественная церемония в соборе? Тот, не задумываясь, ответил, проявив при этом несвойственное ему остроумие: «Очень понравилось, — громовым голосом, словно подавал команду войскам, прогрохотал Ожеро, — красивая церемония!.. Жаль только, что на ней не присутствовали сто тысяч убитых ради того, чтобы таких церемоний не было!» Наполеону такая дерзость, тем более проявленная публично, не понравилась.
Ожеро подвергся немилости, 1 октября 1801 года он был заменен в Голландии генералом К. Виктором и удалился в свое поместье. Но уже летом 1803 года первый консул вызывает его в Париж и назначает командующим войсками Байоннского военного лагеря.
После провозглашения Империи (май 1804 года) в числе других наиболее видных военачальников французской армии он получает звание маршала Франции (19 мая 1804 года). В первом списке маршалов Империи, в который Наполеон включил 14 генералов, имя Ожеро стояло 6-м, после Массены. Наравне с другими своими боевыми соратниками император осыпал его милостями и наградами. Еще в 1803 году Ожеро получил из рук Бонапарта вновь учрежденный орден Почетного легиона. Менее чем через год следует новая награда — командорский крест ордена Почетного легиона (июнь 1804 года) и, наконец, в числе других маршалов император удостаивает его высшей награды Империи — Большого креста ордена Почетного легиона (2 февраля 1805 года). Все эти пожалования сопровождались крупными денежными наградами и другими, не менее весомыми материальными благами.
Следует отметить, что Наполеон всегда охотнее награждал и отличал людей, особенно своих сподвижников, нежели их наказывал, даже тогда, когда они этого заслуживали. Маршалы в наполеоновской Франции были самыми уважаемыми людьми, а со временем сделались и самыми богатыми. «Я плачу за кровь, а не за чернила!» — обычно отмахивался Наполеон, отвечая на вопросы некоторых завистников из числа высокопоставленных чиновников, недовольных тем, что их «гражданские» заслуги оцениваются императором куда ниже маршальских. Маршалы были обладателями роскошных особняков в самых престижных местах Парижа, прекрасных замков и великолепных поместий в провинции. Кроме крупных денежных дотаций, которыми Наполеон щедро одаривал своих соратников после каждой победоносной кампании, для маршалов, обладателей герцогских титулов, на завоеванных территориях в 1806 году были учреждены особые лены. Их владельцам полагалась 1/15 часть всех доходов, поступающих в казну с соответствующих территорий. С падением Империи они этих доходов лишились.
В период подготовки Наполеона к вторжению в Англию Ожеро возглавлял войска, сосредоточенные в районе Бреста (Бретань). С началом войны против Австрии они составили 7-й корпус Великой армии (август 1805 года). Чтобы присоединиться к главным силам наполеоновской армии, корпусу Ожеро пришлось совершить более чем 1000-километровый марш с берегов Атлантики до берегов Дуная. Это произошло уже после завершения Ульмской операции (октябрь 1805 года), завершившейся блистательной победой Наполеона, принять участие в которой Ожеро не успел. Передовые части 7-го корпуса подошли к району боевых действий сразу же после завершения сражения под Ульмом. После сосредоточения на Дунае всех сил корпуса Наполеон поставил перед Ожеро задачу обеспечить правый фланг Великой армии, развернувшей наступление на Вену. Для решения этой задачи Ожеро должен был занять область Форарльберг (западная часть Австрии), а затем прикрывать главную тыловую базу французской армии, размещавшуюся в районе Аугсбург, Мюнхен. Ожеро успешно справился с поставленной задачей. Развернув наступление в южном направлении, он разбил на реке Иллер, южнее Кемптена, австрийский корпус генерала Елачича, а затем под Фельдкирхом заставил его положить оружие (14 ноября 1805 года). В ноябре 1805 года его войска заняли весь Форарльберг. На этом активное участие Ожеро в кампании 1805 года закончилось. Затем он участвовал в войне 1806—1807 годов против Пруссии и России, продолжая командовать 7-м корпусом, входившим теперь в состав главных сил Великой армии.
