Так, спустя 10 лет он снова оказался под непосредственным командованием Наполеона. Во главе 7-го корпуса маршал Ожеро участвовал в сражениях под Йеной (14 октября 1806 года), Голымином (26 декабря 1806 года) и Прейсиш-Эйлау (7—8 февраля 1807 года), но без особого блеска, хотя предводимые им войска и внесли определенный вклад в достижение успеха.
Война 1806—1807 годов завершилась для Ожеро сражением при Прейсиш-Эйлау. Накануне этого сражения он простудился и заболел. Чувствуя, что не в состоянии должным образом исполнять свои служебные обязанности, маршал обратился к императору с просьбой временно освободить его от командования корпусом, но Наполеон уговорил его остаться еще на один день. В ходе сражения 7-й корпус (9 тыс. человек)[11] получил приказ нанести удар в стык между центром и левым флангом русской армии. Ожеро велел привязать себя к лошади и лично повел свои войска в бой. Тем временем разыгралась сильная снежная вьюга. В условиях резко ограниченной видимости корпус Ожеро сбился с заданного маршрута и вышел прямо к центру русской позиции. 70 русских орудий почти в упор ударили картечью по внезапно появившимся перед ними из снежной мглы колоннам французов. Огонь артиллерии дополнялся плотным ружейным огнем русской пехоты. В короткий промежуток времени (всего около получаса) не успевшие развернуться в боевой порядок колонны французов понесли огромные потери. Их разгром завершила стремительная контратака русских войск. От полного уничтожения остатки 7-го корпуса спасла контратака конницы Мюрата и гвардейской кавалерии.
В этом неудачном для него боевом столкновении корпус Ожеро потерял 2/3 своего состава, а сам маршал получил пулевое ранение в правую руку. После сражения при Прейсиш-Эйлау остатки 7-го пехотного корпуса были расформированы. Ожеро получил отпуск по болезни и, оставив армию, уехал во Францию. В марте 1808 года Наполеон даровал маршалу Ожеро титул герцога Кастильонского.
В преддверии войны с Австрией, в марте 1809 года, Ожеро был назначен командиром 8-го (вюртембергского) корпуса, вошедшего в состав Великой Германской армии (La Grande Armee de J’ Allemagne). Однако в командование им Ожеро так и не вступил. Официальная причина — болезнь. Но на самом деле, по всей вероятности, это назначение пришлось не по душе герцогу Кастильонскому, и болезнь явилась лишь отговоркой. Укомплектованный немцами 8-й корпус не отличался высокой боеспособностью (его солдаты вынуждены были сражаться за чуждые им интересы) и к тому же имел небольшую численность — всего 12 тыс. человек; поэтому маршал, горевший желанием реабилитировать себя в глазах Наполеона за неудачу при Прейсиш-Эйлау, вполне резонно посчитал, что рассчитывать на победные лавры в будущей войне во главе такого соединения не имеет смысла. В течение всей войны 1809 года с Австрией этим корпусом командовал генерал Д. Вандам. Видимо, истинную причину уклонения Ожеро от участия в войне с Австрией понял и Наполеон. Через полгода он назначает герцога Кастильонского командиром 7-го корпуса в Испании (28 сентября 1809 года). Это назначение тоже не очень-то обрадовало Ожеро. Обстановка на Пиренейском полуострове для французов продолжала ухудшаться. Добиться коренного перелома в этой затяжной войне им так и не удалось. Неудачи следовали одна за другой. Уже многие из военачальников, испытав горечь неудач, были вынуждены покинуть Испанию. Покинули они эту негостеприимную страну не по своей воле, а будучи отстранены Наполеоном от командования. Их боевая репутация в глазах императора оказалась серьезно подорванной, для некоторых дело закончилось изгнанием из армии. Так что особых причин радоваться этому назначению у Ожеро не было. Но и отказываться от нового назначения во второй раз было уже нельзя, можно было оказаться вообще за бортом. Поэтому, скрепя сердце и проклиная императора, герцог Кастильонский вынужден был подчиниться. Но он так долго тянул со своим отъездом в Испанию, ссылаясь на различные обстоятельства, что потребовалось не одно напоминание начальника Главного штаба.
В командование 7-м корпусом маршал Ожеро вступил только в конце ноября 1809 года. Этот корпус вел тогда боевые действия в Каталонии. Вначале все у Ожеро складывалось довольно успешно, он одержал ряд частных успехов и был даже назначен командующим Каталонской армией (8 февраля 1810 года). Но на этом посту герцог Кастильонский проявил свою полную несостоятельность. Командование войсковым объединением в боевой обстановке ему было просто не под силу. Потерпев ряд неудач, он был вынужден оставить большую часть Каталонии и отступить к Барселоне. Наполеон быстро понял свою ошибку с выбором командующего Каталонской армией и отстранил Ожеро от командования, заменив его маршалом Ж. Макдональдом (24 апреля 1810 года). Ожеро был отозван во Францию.
