Несмотря на полную победу йоркистов, с обеих сторон погибло всего 300 человек. Частью они были убиты во время боя, частью утонули во рву и реке при бегстве. Среди жертв сражения оказались командующий королевской армией Хамфри Стаффорд 1-й герцог Бакингемский, Джон Толбот 2-й граф Шрусберийский, Джон де Бомонт 1-й виконт Бомонт и Томас Перси 1-й барон Эгремонт.
После окончания битвы лорды Уорик, Марч и Фоконберг приблизились к королевской палатке, где обнаружили одиноко сидящего короля, который не принимал активного участия в сражении и не пытался бежать. Взяв с собой Генри VI, они отправились в Нортхемптон, а затем выехали в Лондон, где короля торжественно встретили горожане и духовенство. Как и в 1455 году после битвы при Сент-Олбенсе, его сначала поселили в доме епископа Лондонского, а затем перевели в Элтем и Гринвич, чтобы он мог развлекаться охотой до начала заседания Парламента.
Однако в сражении при Нортхемптоне не участвовали главные противники йоркистов — Генри Бофорт герцог Сомерсетский, Джеймс Батлер граф Уилтширский, Генри Перси граф Нортумберлендский, Джон де Клиффорд лорд де Клиффорд и Джон Невилл 1-й лорд Невилл. Королева и юный принц Уэльский находились в Эклсхолле, в Стаффордшире. Получив известие о разгроме своих сторонников, они бежали в Честер. Некий Джон Клегер, слуга лорда Стэнли, попытался перехватить их по дороге, но беглецам удалось ускользнуть, хотя при этом пришлось бросить все вещи и драгоценности. Королева с сыном нашла пристанище в Уэльсе, в замке Денби у Джаспера Тюдора графа Пембрукского. Там они оставались всю осень, собирая своих сторонников — ланкастрианских лордов, среди которых был герцог Эксетерский. В конце года Маргарита отправилась в Шотландию, где была тепло принята королевской семьей. Королева не погнушалась пообещать шотландцам город и крепость Берик в обмен на помощь против йоркистов.
18 июля лорд Скейлз приказал отворить ворота Лондонского Тауэра и сдался, поставив условием, что ему и другим лордам сохранят свободу. Все остальные защитники Тауэра предстали перед судом. Семеро из них, сос тоявшие на службе у герцога Эксетерского, были осуждены присяжными и обезглавлены на Тайберне. Томас Торп, бывший ланкастрианский спикер Парламента, вернулся в Тауэр, но уже в качестве заключенного. Он пытался бежать, был схвачен, обрит наголо и снова водворен в темницу.
20 июля лорд Скейлз отплыл на лодке из Тауэра вверх по Темзе в Вестминстер, где надеялся найти надежное убежище. По пути его перехватили слуги графов Уорикского и Марчского. Скейлза вытащили на берег и убили прямо под стенами дома епископа Уинчестерского. Хронист Уильям Вустерский своими глазами видел тело, валявшееся на кладбище возле крыльца церкви Святой Марии Оврейской в Саутуарке, с которого сорвали все одежды. Труп Скейлза пролежал так несколько часов, пока по приказу графов Марчского и Уорикского его не предали земле. Уорик тотчас поскакал в Тауэр и приказал объявить по всему городу, что убийства и грабежи будут караться смертью. Однако это заявление несколько опоздало, поскольку Скейлз уже погиб, хотя сдавался он, понадеявшись на обещание сохранить ему жизнь и свободу.
Йоркисты полностью захватили власть в стране. Герцог Йоркский еще находился в Ирландии, но в столице от его имени действовал энергичный граф Уорикский. Лордом-канцлером стал Джордж Невилл епископ Эксетерский, а лордом-казначеем — Генри Буршье 1-й виконт Буршье.
Герцог Йоркский вернулся в Англию, высадившись в Ланкашире 2 сентября 1460 года. Королева Маргарита нашла приют у Джеймса II Шотландского, который под предлогом помощи изгнанникам осадил замок Роксбург, принадлежавший англичанам. Хотя 3 августа он был убит разорвавшейся пушкой, тем не менее шотландские лорды закончили осаду и взяли замок.
Сомерсет какое-то время еще оставался в Гине, но 5 августа Генри VI официально восстановил графа Уорикского в должности капитана Кале. Уорик прибыл на континент и встретился с Сомерсетом. Лорды поцеловались в знак примирения, и Сомерсет, оставив Гин, отправился в Дьепп. Там он провел два месяца в поисках способа перебраться в Уэльс, где обосновался Генри Холланд герцог Эксетерский. Еще один ланкастрианин, граф Уилтширский, нашел убежище в Оттерийском монастыре. Граф Нортумберлендский, лорды Клиффорд и Невилл оставались в своих владениях на севере Англии.
