В качестве члена Реввоенсовета Республики Рыков был уже назван в процитированном выше постановлении ЦК партии. Однако формально такое назначение состоялось несколькими днями позже. 8 июля 1919 года была проведена ре-» организация РВСР (впервые образованного в сентябре 1918 года). Чтобы сделать работу этого высшего военного органа более гибкой и оперативной, его состав был сокращен до шести членов. Ими стали: Л.Д. Троцкий (председатель), Э.М, Склянский (заместитель председателя), С.И. Гусев, С.С. Каменев (главком), А.И. Рыков, И.Т. Смилга.
На следующий день, 9 июля, постановление ЦК о предоставлении Рыкову диктаторских полномочий было реализовано принятием декрета ВЦИК «Об изменении в организации дела снабжения Красной Армии», опубликованного затем в газете «Известия». Этим декретом Рыков назначался на вновь учрежденный пост Чрезвычайного уполномоченного Совета рабоче-крестьянской обороны по снабжению Красной Армии и Красного Флота. В обращение вошла ещё одна аббревиатура — Чусоснабарм. Однако из-за того, что её было трудно произносить, употребляли и другую, сокращенную, — ЧУСО, чрезвычайный уполномоченный Совета обороны.
Согласно декрету ВЦИК, в подчинение ЧУСО были переданы все органы снабжения наркомвоенмора, а также центральные и местные органы Чрезкомснаба и Центрвоензага (Центрального отдела военных заготовок). При этом Рыкову было дано право переформировывать подведомственные учреждения, объединять параллельные и ликвидировать излишние органы, назначать и смещать любых должностных лиц, имеющих отношение к материально-техническому снабжению армии.
В уже упомянутом томике статей и речей Рыкова приведен примечательный документ тех дней: «Настоящим приказываю никаких проектов реорганизации не разрабатывать и с таковыми ко мне не являться, а, напротив, сосредоточить все внимание на усилении работы ныне существующих органов Красного фронта». Не ломая в спешке уже сложившееся, Рыков в кратчайший срок сумел в корне изменить всю работу, подобрать и расставить энергичных и знающих людей. ЧУСО образовал собственный аппарат (к 1921 году он насчитывал около 500 человек), его представители действовали во многих районах страны. При командовании фронтов и армий были созданы управления уполномоченных ЧУСО, а в губерниях, на территории которых находились фронты, — его инспекции. «В пределах каждого фронта и подчиненных фронту губерний, — говорилось в приказе Рыкова от 20 августа 1919 года, — все органы снабжения подчиняются уполномоченному. Он направляет, согласует и контролирует их деятельность в соответствии с планом и директивами центра».
Конечно, не обходилось без трудностей, трений и даже конфликтов, преодоления амбиций армейского командования, в том числе и высшего. Не этим ли объясняется, что Рыков всего лишь два месяца являлся членом Реввоенсовета Республики? Обладая полной самостоятельностью в решении вопросов снабжения армии, он вместе с тем оказался в рамках этого высшего военного органа отчасти подчиненным его председателю Троцкому и даже Склянскому, нередко замещавшему последнего. В сентябре 1919 года эта ложная ситуация была ликвидирована. Рыкова освободили от обязанностей члена РВСР. Он вошёл в чрезвычайный советский орган — стал, наряду с Троцким, членом Совета рабоче-крестьянской обороны. Это укрепило значение ЧУСО, усилило его координацию военного снабжения с общехозяйственной жизнью страны.
В том же месяце Рыков подписал приказ об учреждении Совета военной промышленности, которому было подчинено почти 60 военных заводов. Во главе Совета Алексей Иванович поставил хорошо известного ему по ВСНХ инженера-большевика П.А. Богданова. Действуя совместно, привлекая специалистов, они сумели наладить снабжение сырьем и топливом оборонных предприятий, усилить их людскими ресурсами, обеспечить максимально возможный по тому времени выпуск продукции.
Рыков не раз выезжал на Тульский, Ижевский, Симбирский и другие оружейные заводы. Вообще личный поезд ЧУСО в те тревожные месяцы почти не покидал прифронтовые районы, а по мере разгрома врага продвигался в освобождённые районы. Здесь Рыков, не разделяя свои обязанности и председателя ВСНХ, и Чрезвычайного уполномоченного Совета обороны, активно включался в восстановление Советской власти, налаживание пострадавшего от войны хозяйства.
Просматривая сейчас выходивший в 1919–1921 годах «Бюллетень Чрезвычайного уполномоченного Совета обороны по снабжению Красной Армии», поражаешься многообразию сделанного: борьба за увеличение выпуска оружия и одновременно сбор и строгий учет трофейных винтовок, орудий, боеприпасов; тщательное обследование всех военных складов (ещё времён первой мировой) и организация мастерских по производству экипировки для кавалерии — ведь без уздечек, седел и шашек лозунг «Пролетарий, на коня!», хоть его и провозгласил сам Троцкий, нельзя было осуществить.
