Нападения подводных лодок на торговые суда увенчались еще большими успехами. За первый месяц войны было потоплено 41 судно общим водоизмещением до 154 тыс. т, а к концу года – 114 судов общим водоизмещением свыше 420 тыс. т. В середине октября подводная лодка U-47 проникла на якорную стоянку флота в Скапа-Флоу и потопила линкор «Ройял Оук». Англичане были вынуждены временно отказаться от использования этой главной базы флота.
Примечательно, однако, что в ноябре и декабре потери торгового судоходства были вдвое меньшими, чем в первые два месяца, причем значительное число судов пострадало не от действий подводных лодок, а подорвалось на минах. К тому же союзники потопили девять немецких подводных лодок. Налеты немецкой авиации на суда в море не причинили сколько-нибудь серьезного ущерба.
В начальный период войны немецкий флот возлагал большие надежды не только на подводные лодки, но и на свои надводные корабли, однако эти надежды не оправдались. К началу войны «карманный» линкор «Адмирал граф Шпее» находился в средней части Атлантического океана, а однотипный корабль «Дейчланд» (впоследствии переименованный в «Лютцов») – в его северной части, но Гитлер до 26 сентября не разрешал атаковать английские суда. В итоге ни один из них не добился большого успеха, а линкор «Адмирал граф Шпее», загнанный в устье Ла-Платы, в декабре пришлось затопить.
Новые линейные крейсеры «Гнейзенау» и «Шарнхорст» провели кратковременную вылазку в ноябре, но после потопления вспомогательного крейсера в проливе между Исландией и Фарерскими островами поспешили вернуться на базу. Союзники, учтя опыт 1917-1918 годов, отправляли свои суда в сопровождении конвоев. Эта мера оказалась исключительно эффективной.
После падения Франции в июне 1940 года угроза морским коммуникациям Англии резко возросла. Теперь всем судам, проходящим южнее Ирландии, угрожало нападение немецких подводных лодок, надводных кораблей и авиации. Остался единственный морской путь в обоих направлениях – через северо-западные подступы, в обход Ирландии с севера, но даже этот путь находился в пределах досягаемости немецких самолетов дальнего действия – четырехмоторных бомбардировщиков FW-200, действовавших из Ставангера, в Норвегии, и Мериньяка, около Бордо. В ноябре 1940 года бомбардировщики дальнего действия потопили 18 судов водоизмещением 66 тыс. т. Кроме того, значительно возросли потери от действий подводных лодок: в октябре они потопили 63 судна водоизмещением свыше 350 тыс. т.
Угроза стала настолько серьезной, что к выполнению задач по борьбе с подводными лодками пришлось привлечь многие из кораблей, предназначавшихся для отражения вероятного вторжения немцев в Англию, и направить их на северо-западные подступы. Охранение конвоев надводными кораблями и самолетами осуществлялось при этом явно недостаточными силами.
В июне, в первый месяц после изменения стратегической обстановки, немецкие подводные лодки потопили 58 судов водоизмещением 284 тыс. т, и, хотя в июле эта цифра несколько снизилась, в последующие месяцы она держалась в среднем на уровне свыше 250 тыс. т.
На пути от восточного побережья мины, сброшенные с воздуха, в последние месяцы 2939 года причинили больше ущерба, чем подводные лодки, а после вторжения немцев в Норвегию и Нидерланды весной 1939 года опасность плавания из-за мин возросла.
Осенью «карманный» линкор «Адмирал Шеер» проскользнул незамеченным в северную часть Атлантического океана и 5 ноября атаковал конвой, возвращавшийся в Англию из Галифакса (Новая Шотландия). Линкор потопил пять торговых судов и вспомогательный крейсер «Джервис Бей», который пожертвовал собой, чтобы выиграть время и дать возможность конвою уйти. Внезапное появление линкора «Адмирал Шеер» на этом важном пути следования конвоев дезорганизовало все судоходство через Атлантический океан. Отправка других конвоев была задержана на две недели, пока не выяснилось, что линкор «Адмирал Шеер» ушел в южную Атлантику. Там оказалось меньше объектов для нападения, и 1 апреля он благополучно возвратился в Киль. После похода протяженностью свыше 46 тыс. миль его боевой счет возрос до 16 судов (99 тыс. т.).
