Были приняты жесточайшие меры, для того чтобы самым строгим образом изолировать и засекретить группу «Хаос». Круг лиц, которые могли знать о ее деятельности, был ограничен лишь теми, кто имел в этом «конкретную необходимость». Агенты в течение двух или трех месяцев, пока они проходили подготовку, находились в самой строгой изоляции. В записке от июля 1971 года указывалось, что подготовка должна была проводиться с крайней осторожностью, а число лиц, осведомленных о ней, должно быть сведено до «абсолютного минимума». Отдел подготовки получил указание передавать группе «Хаос» любые сообщения, имеющие отношение к подготовке этих агентов.
Даже внутри службы контрразведки, которая сама является чрезвычайно закрытым подразделением ЦРУ, группа «Хаос» была в изоляции. Географически группа была размещена на удалении от этой службы. О целях операции «Хаос» знали только начальник контрразведки и его заместители. В принципе, согласно организационной структуре, на начальника контрразведки возлагалась административно-техническая ответственность за осуществление операции «Хаос» и, в частности, он должен был утверждать заявки на бюджетные ассигнования и решения по кадровым вопросам. Но сведения, которыми мы располагаем, показывают, что на деле начальник контрразведки был мало связан с фактической деятельностью группы «Хаос». Как явствует из документа ЦРУ от мая 1969 года, Хелмс дал специальное распоряжение руководителю группы не ставить в известность начальника контрразведки о проводимой им работе.
Начальник контрразведки и руководитель группы «Хаос» сходятся во мнении о том, что ввиду изоляции группы и окружавшей ее секретности она фактически находилась в непосредственном ведении директора ЦРУ. На деле такое положение начало складываться к середине 1969 года. Несколько позднее руководитель группы «Хаос» попытался добиться непосредственного подчинения своей группы аппарату директора ЦРУ.
В показаниях, которые он дал комиссии по расследованию, Хелмс заявил, что не припоминает, чтобы он давал особое указание руководителю группы «Хаос» обращаться по всем вопросам только к нему. По его словам, напротив, он ожидал, что руководитель группы будет докладывать начальнику контрразведки, тот, в свою очередь, — начальнику Оперативного управления, который, наконец, сам будет доводить вопрос до сведения директора ЦРУ.
Операция «Хаос» считалась чрезвычайно деликатной, и даже в ходе одной инспекторской проверки в ноябре 1972 года самому генеральному инспектору ЦРУ было отказано в допуске к документации группы. В другом случае оперативную деятельность ЦРУ инспектировала группа административного управления. Ее намеренно не поставили в известность о деятельности группы «Хаос». Как кажется, вопросы деятельности группы, занимавшейся операцией «Хаос», никогда на выносились на рассмотрение генерального советника ЦРУ. Не проводилось также и ежегодных проверок исполнения бюджета и оперативной деятельности группы, за исключением случаев, когда запрашивалось разрешение оплатить услуги или провести вербовку агента.
