По прибытии в Петропавловск Резанов обратился к камчатскому коменданту генералу Петру Ивановичу Кошелеву с требованием суда над Крузенштерном, обвиняя его и взбунтовавшихся офицеров в неповиновении воле государя, выразившемся в неподчинении ему, камергеру Резанову. Генерал-майор Кошелев оказался человеком порядочным, деликатным и опытным в таких делах, а его "служебное расследование" привело стороны к примирению. 1 августа он прибыл из Нижнекамчатска, а 8-го Иван Фёддорович Крузенштерн и все офицеры "Москвы" явились в полной парадной форме и принесли Резанову извинения. Резанов в тот же день написал Кошелеву письмо, в котором объяснил, что хотя он и просил произвести по известному делу законное следствие, но считает раскаяние господ офицеров, в присутствии его принесенное, порукою в их повиновении. "…весьма охотно все случившееся предаю забвению и покорнейше прошу вас оставить бумаги мои без действия". Николай Петрович не только великодушно простил Крузенштерна и других морских офицеров, которые доставили ему во время плавания столько неприятностей, но и дал самую высокую оценку капитану "Москвы", "…неусыпное старание которого позволило сохранить всех людей и груз".
Свита посланника подверглась в Перопавловске некоторому изменению. Живописец Академии Семен Курляндцев не смог продолжить путешествие "… по причине жестокой каменной болезни" и был отправлен в Ст.-Петербург в сопровождении "кандидата медицины" Брыкина. Также исключён был из миссии гвардии поручик Толстой "…по причине беспокойного его характера, раздоры по всей экспедиции посеявшего". На российской земле был оставлен и переводчик Петр Киселев из обрусевших японцев с "Вакамия-мару". В плавании его отношения с сохранившими верность своему императору моряками Цудаю, Гихээ, Сахэи и Тадзюро вконец испортились. Четверка японцев пообещала донести властям Нагасаки о том, что Судая Хёбэ (Петр Киселев) крестился. Это грозило обрусевшему японцу на родине неминуемой смертной казнью.*(13) Зато миссия пополнилась младшим братом Павла Ивановича поручиком Кошелевым, капитаном Камчатского гарнизонного батальона Федоровым и почётным караулом "…из семи видных солдат с унтер-офицером и барабанщиком".
Простояв шесть недель в Петропавловской гавани и оставив там большую часть груза, после молебствия и орудийного салюта "Москва" покинула Камчатку. 15 сентября праздновали день коронации императора. По этому случаю Резанов произнёс речь и роздал всем членам экипажа памятные медали с изображением императора Александра. А на следующий день они попали в страшный 12-тидневный тайфун. "Столь страшен был сей шторм, что ртути в барометре вотче было не видно".
В порт Нагасаки вошли 26 сентября 1804 года. Российский корабль был тут же окружен лодками с вооруженными японскими стражниками. К причалу "Москву" не допустили, поставив на якорь на внешнем рейде. Лишь вечером следующего дня на корабль прибыли японские чиновники. Резанов принял их в своей каюте, рассказал о письме Александра I, о готовности вступить в переговоры, о желании передать японским властям спасенных на острове Атка моряков. Предъявил он чиновникам и разрешение на заход в Нагасаки, выданное Лаксману.
Слова русского посла о желании вручить японскому императору Высочайшее послание из Санкт-Петербурга вызвали у представителей японских властей определенное замешательство. Дело в том, что вот уже в течение двух столетий высшая государственная власть в стране принадлежала не императорам, а сёгунам - военным правителям из рода Токугава. А император, лишенный всех рычагов власти, вел праздную жизнь в Киото и не привлекался к решению важных государственных дел. Соответственно, вставал вопрос, кому вручать письмо от русского императора. Совет высших феодалов Японии после долгих обсуждений проблемы пришел к решению письма не принимать, в переговоры не вступать и вынудить русский корабль немедленно покинуть территориальные воды страны. Пока князья - даймё вырабатывали это нелегкое решение, россиян на берег не пускали. Недели проходили за неделями, в экипаже "Москвы" появились больные, Плохо себя чувствовал и простуженный Резанов. При каждой встрече с японскими чиновниками посол России настаивал, чтобы власти Нагасаки дали разрешение сойти на берег хотя бы больным. Наконец бюрократическую стену удалось пробить. В деревне Мэгасаки на берегу залива был выделен пятачок земли, окруженный со всех сторон двойным частоколом. Туда, в маленькое помещение и перевезли больных русских моряков, пока остальные занимались починкой потрепанного в плавании такелажа.
