В остальном же, главной трудностью своей работы отец Иоанн видел в отсутствии национальной тлинкитской письменности. И вновь Иоанн Вениаминов положил много трудов для того, чтобы появились книги на тлинкитском языке. Колошский язык не похож ни на один из европейских языков и он совсем отличен от алеутского. Источников для его изучения ещё не существовало но отец Иоанн сумел им овладеть. Он не терял ни малейшей возможности, чтобы узнать значение того или иного слова или не известное ему предание. Итогом трёхлетнего труда на основе обширного, заботливо и бережно собранного, где только возможно, материала, стала книга "Записки о колошах", включавшая в себя также "Колошенскую грамматику".
При своем энергичном характере Иоанн Вениаминов находил время и на кипучую хозяйственную деятельность, и на обучение детей различным ремёслам, которыми он владел. В часы же краткого досуга отец Иоанн занимался любимой механникой и сам сконструировал часы для колокольни ситкинской церкви, которые остались исправными в работе и после того, как колокольня накренилась.*(26)
Имея пятнадцатилетний опыт служения, Иоанн Вениаминов убедился в том, что нужды колоний в духовном и образовательном отношениях так велики, что только при существенной поддержке из России можно надеяться на их удовлетворение. Он решил остановиться на трех задачах: представить в Святейший Синод подробный план утверждения в Америке православия, предложить Русско-Американской компании план улучшения условий для обучения ее жителей, а также получить одобрение Святейшим Синодом переводов богослужебных текстов на американские языки.
Получив благословение Иркутского епископа Нила и получив от него рекомендательные письма к членам Святейшего Синода, 8 ноября 1838 г., он отправился в путь на барке "Севастополь" под командованием капитан-лейтенанта Беренс. Спустя 7 месяцев и 14 дней благополучного плавания, 22 июня 1839 г. он прибыл в Кронштадт.
"Небогатый, неизвестный, без связей, без поддержки, из дальней Америки священник церкви в порте Ситха на Алеутском острове (владение Российско-Американской компании) прибыл в Петербург в надежде обратить внимание Св.Синода на жалкое положение своей полудикой паствы. Никем не знаемый, всем чуждый иерей у многих порогов постоял, в многие двери постучался; но везде его встретила холодная вежливость и совершенное равнодушие к его пустынной стороне".
Однако две серьёзные работы по этнографии, напечатанные в журнале "Сын отечества", привлекли к Иоанну Вениаминову внимание митрополита Санкт-Петербургского Серафима и обер-прокурора Святейшего Синода графа Протасова. Представленный им обстоятельный доклад "Обозрение Православной Церкви в Российской Америке" с рекомендациями для улучшения существующего положения, а также величественная внешность отца Иоанна произвели на принимавших его приятное впечатление. Особый интерес вызвали его увлекательные рассказы о делах далекой Американской Церкви, о населявших те места аборигенах. Обер-прокурора это так заинтересовало, что он просил отца Иоанна бывать у него и не в приемные часы.
Сделать доклад Святейшему Синоду о цели своего приезда, о положении дел в Американской Церкви отцу Иоанну не удалось по причине отпускного времени членов Синода; велено было явиться только к осени. Пользуясь временем, отец Иоанн получил разрешение печатать свои переводы и труды и занялся их подготовкой.*(27)
Осенью, наконец, Святейший Синод вернулся с каникул и отец Иоанн смог представить свой доклад. Его умение по-деловому и вместе с тем красочно и живо обрисовать обстановку в Американской Церкви, трудности, которые испытывали русские миссии, рассказы о новокрещённых племенах, - все это пришлось по душе членам Синода, и, более того, возбудило в них живое участие. Отец Иоанн был повышен в чине, а 25 декабря 1839г. вышел указ о награждении "Протоиерея священника церкви Св. Михаила Архангела, что на острове Ситхе, Иоанна Вениаминова орденом Святой Анны 2-й степени".
Синод одобрил и мнение отца Иоанна касательно усовершенствования церковно-образовательной жизни в Америке. Было решено увеличить число священников, учредить духовные училища. Синод согласовал вопрос об увеличении денежных средств на содержание духовенства; были выделены дополнительные ассигнования.
В разгар этой кипучей деятельности, которой отличался Иоанн Вениаминов на любом месте, в любом деле и всю свою жизнь, пришла скорбная весть о смерти его супруги. И отец Иоанн подал в Святейший Синод прошение: "Имею я желание вступить в монашеское звание, не уклоняясь, впрочем, от назначенного мне служения при новопросвещенных и просвещаемых христианскую верою, в Российско-Американских владениях." 29 ноября 1840г. в Троицком подворье, в церкви преподобного Сергия отец Иоанн был пострижен митрополитом Филаретом в монашество с именем Иннокентий.
