И хотя в первый свой год она громыхала далеко от Ниена, у стен Нарвы, куда и двинулась армия Петра I, жить в городе, а особенно вокруг него, стало опасно. Слабые силы шведского генерала Крониорта со штабом в Дудергофе были не в состоянии защитить материковую часть Ингрии, а коменданты Нотебурга и Ниеншанца – удержать под своим контролем все течение Невы. Разместившийся с двухтысячным отрядом в Старой Ладоге воевода П.М. Апраксин уже не давал шведам покоя от Ниена до Нотебурга. Он посылал в приневские места усиленные разведывательные диверсионные отряды, нападавшие на небольшие укрепления и мелкие группы противника, разорявшие жилье, захватывавшие пленных и угонявшие скот. 13 августа 1701 года на берегах Ижоры произошло сражение русского войска с отрядом Крониорта. Шведы потеряли около 500 человек и отступили к реке Славянке и Сарской мызе (ныне Царское Село) и вскоре, опасаясь быть отрезанными от основных сил, переправились через Неву на правый берег, бросив на произвол судьбы подданных короля на левом.
А потом началось великое наступление Петра I на Ладоге и Неве. Сосредоточенная в начале сентября 1702 года в районе Старой Ладоги 35-тысячная русская армия 27 сентября появилась под стенами Нотебурга, и осадная артиллерия начала обстрел крепости. После кровопролитного штурма 11 ноября гарнизон сдался.
Поздняя осень не позволила двинуться вниз по Неве к ее устью, но всем было ясно, что судьба Ниеншанца предрешена. Уже с середины марта 1703-го Петр, поселившись в Шлиссельбурге, стал спешно готовить войско к походу. 23 апреля оно двинулось вниз по Неве, по ее правому берегу и вскоре подошло к Ниеншанцу…
Как и во все времена, оскал войны был страшен. Все деревни и мызы в округе либо сожгли, либо разобрали на военно-строительные нужды. Нева была непривычно пустынна, грохот канонады далеко разносился вокруг. Было бы неверно думать, что местное, в том числе и русское, население единодушно и радостно приветствовало приход армии царя Петра. Сюда, на берега Невы, за ближний пограничный рубеж, из России бежали во множестве помещичьи крестьяне и холопы. Они знали, какие длинные руки у сыщиков, которых нанимали помещики для поиска беглых холопов и крестьян, а потому восторга при виде русской армии не испытывали.
Отток местного населения из Ниена и его округи усилился осенью 1702-го. Январские (1703 год) «Ведомости» Петра I опубликовали сообщение из Ниена от 16 октября 1702 года: «Мы здесь живем в бедном постановлении, понеже Москва в здешней земле зело недобро поступает, и для того многие люди от страху отселе в Выбурк и в финляндскую землю уходят, взяв лучшие пожитки с собою».
Те, кто не поступил так благоразумно вовремя, вскоре раскаялись в своем легкомыслии и недальновидности. Из дел, отложившихся в шведских архивах, известно, что русские солдаты грабили и убивали жителей, устраивали на них охоту, прочесывая окрестные леса вокруг брошенных ими деревень и мыз.
Весной 1702 года суд в Ниене рассматривал дело Лизы Куукки, задушившей своего младенца. Оказалось, что она вместе с жителями своей деревни Нахкала (на реке Славянка) бежала в лес и спряталась вместе с другой женщиной под верхушкой поваленной сосны. Однако солдаты обнаружили товарку Лизы и убили ее тремя выстрелами. Лизу же с ребенком под сосной они не разглядели. «Лиза спаслась, но была вынуждена сильно прижимать ребенка к груди, чтобы он не плакал и не раскрыл их убежища. Когда опасность миновала, Лиза увидела, что ребенок задохнулся». Так записано в судебном деле. Однако суд снял с женщины обвинение в предумышленном убийстве ребенка из-за форсмажорных обстоятельств.
Русские солдаты грабили «свейские пределы», тем же занимались и шведы, вторгаясь через границу на соседнюю новгородскую территорию. В своих челобитных крестьяне нескольких погостов Водской пятины жаловались, что «неприятельские шведские воинские люди приходили в твою, государь, сторону, в Водскую пятину… церкви Божии и помещиков наших домы и деревни пожгли и разорили без остатку, и хлеба стоячие и молоченые вывезли, и скот всякий выгнали, и крестьян побили и поранили и в полон поимали».