«Шведское масонство вызвало острые опасения Екатерины. Об этом свидетельствует и комедия Императрицы, первая из целой серии, направленной против масонства «Тайна противонелепого общества», появившаяся в 1780 г. Одновременно с литературными мерами Екатерина приняла и административные. В Национальной Ложе два раза был петербургский полицмейстер П. В. Лопухин.» Узнав о включении русских лож Иоанновского масонства в девятую Шведскую провинцию, Екатерина распорядилась Елагину закрыть ложи братьев Гагариных, работавших по этой системе.
Братья Гагарины тогда уезжают в Москву, учреждают там новые ложи, которые тайно опять ведут свою работу по шведско-прусской системе.
Ввиду усиления надзора за деятельностью масонских лож в Петербурге, центром русского масонства становится Москва.
Период с 1781 года по 1792 год характерен стремлением русских масонов добиться права работать в более высоких степенях. Отсюда возникает стремление к Розенкрейцерству.
А. В. Семека в своем исследовании «Русское масонство в XVIII веке» так определяет этот период развития русского масонства:
«Самые шатания братьев из стороны в сторону, неожиданные переходы от одной системы к другой от «Строгого Наблюдения» к английскому масонству, от Елагина к Циннендорфу, далее от шведскоберлинской системы к розенкрейцерству — все это свидетельствует о том, что в русском масонстве стали проявляться какие-то новые требования и жадно искать в нем ответов на пробудившиеся вопросы.» Фон Рейхель дает указание, что масоны желающие «упражняться в истинном масонстве» должны «иметь ложу весьма скрытую, состоящую из весьма малого числа членов скромных и постоянных, и упражняться в тишине».
На основе этих указаний в Москве возникает ложа «Гармония». В составе Ложи, кроме других, входят такие видные масоны Новиков и Шварц, ставший позже главой новой масонской системы Розенкрейцерства. Члены ложи поручают Шварцу поехать в Прибалтику и в Берлин и узнать следы «истинного масонства». Ни английская, ни шведско-прусская системы не удовлетворяют уже членов ложи «Гармония». В Берлине Шварц познакомился с членами масонского ордена Розенкрейцеров и увидел в этом Московском ордене «истинное масонство».
1 октября 1781 года Шварц был в Берлине принят в орден Розенкрейцеров и посвящен в тайны «истинного масонства». Шварц получил от ордена Розенкрейцеров полномочия быть «Единственным Верховным представителем «ордена во «всем Императорско-русском государстве и его землях». «Главным надзирателем» был назначен Новиков.
Масоны проникают во все главные учебные заведения: Московский университет, Шляхетский корпус, Академию наук, в правление Екатерины II превращаются в центры пропаганды идей просветительной философии и специфических идей масонства.
«При Екатерине русское общество к приятию масонского учения было подготовлено в предшествующие царствования, начиная с Петра I, и с тех пор все делается по трафарету. Профессора открывают борьбу за свободу научного исследования с духовным и светским деспотизмом, т. е. с церковью и государством, несут проповедь новой религии и морали по образцам западно-европейского мистицизма и, наконец, увлекают своих питомцев в царство грез и мечтаний о переустройстве всей жизни на земле и превращения ее в цветущий сад, в царство всеобщей любви, в царство Астреи.» Вернадский в исследовании «Русское масонство в век Екатерины II» указывает, что в 1777 году в Московском университете было три профессора-масона, а в 1787 году в Московском университете из числа профессоров и кураторов было уже 7 масонов. Из 60 членов Академии Наук в 1787 году десять были масоны и есть подозрения о том, что они масоны, в отношении четырех членов Академии. Директором Академии Художеств в 1787 году был масон барон П. Мальтиц.
Особенно большую энергию и деятельность проявили масоны, принадлежащие к ордену Розенкрейцеров. Верховным представителем русского Розенкрейцерства после умершего в 1784 году Шварца, стал барон Шредер. Еще при жизни Шварца, на состоявшемся в 1782 году в Вильгельмсбаде общемасонском съезде, успехи русских масонов были признаны, наконец, руководителями европейского масонства. Русское масонство было признано самостоятельной восьмой провинцией «Строгого наблюдения».
По свидетельству самого Новикова, московские масоны управляли в 1782-86 году тринадцатью, ложами в Москве и шестью ложами, находившимися в Могилеве, Харькове, Кременчуге, Казани, Вологде и Орле.
Екатерина II не понимала истинных политических замыслов масонства. Рядовые русские масоны увлекались показной, мистической стороной масонства, его таинственными обрядами. Екатерине II все это казалось смешной и нелепой игрой.
Сообщая Гримму о пребывании известного «мага» Калиостро в России, Екатерина II пишет:
