Тем январским 2000 года указом президента звание Героя России было присвоено трем участникам контртеррористической операции , которые уже много месяцев находились в Чечне и сделали все для того, чтобы в боевых действиях, во всей сложной ситуации наступил коренной перелом. Теми “тремя богатырями”, как их за глаза называли товарищи в моздокском, а позже ханкалинском штабе, были генерал-лейтенант милиции Чекалин, возглавлявший группировку МВД России, энергичный и деятельный софринский комбриг полковник Фоменко и генерал-лейтенант Паньков, бессменно возглавлявший группировку внутренних войск в Северо-Кавказском регионе...
Опыт первой чеченской кампании ему здорово пригодился. В течение пяти месяцев он возглавлял войсковую группировку. Привыкший и наученный жизнью постоянно изучать и анализировать оперативную обстановку в регионах служебного применения войск, в деталях знающий состояние их боевой готовности и результаты деятельности, генерал Паньков всегда вносил конкретные деловые предложения по наиболее эффективному использованию соединений и частей в ходе боевых действий. В первую кампанию в боевой обстановке он умело руководил действиями войск при проведении широкомасштабных войсковых и специальных операций по ликвидации незаконных вооруженных формирований.
С 7 сентября 1999 года генерал Паньков вновь возглавил группировку внутренних войск в Северо-Кавказском регионе. Первое, что нужно было сделать в начальный период, — организовать эффективную служебно-боевую деятельность частей и их четкое взаимодействие с подразделениями Министерства обороны. С 7 сентября по 30 октября Михаил Анатольевич лично руководил проведением специальных операций в Новолакском районе Республики Дагестан, где было освобождено от боевиков 14 населенных пунктов. Там особо отличились разведывательные подразделения и отряды спецназа внутренних войск. Командующий группировкой не только лично инструктировал командиров, разрабатывал операции, но нередко, сообразно с обстановкой, находясь в боевых порядках вверенных частей, обеспечивал успех той или иной операции, как это было при освобождении населенных пунктов Чапаево, Ахар, Шушия.
Во время операций на труднодоступных горных перевалах генерал Паньков показывал пример не только старшим офицерам, но и солдатам — всегда вынослив, неприхотлив, отважен и сосредоточен, всегда готов к действию, хладнокровно принимает единственно верное решение, ведущее к достижению победы, быстрой и по возможности бескровной...
В те дни августа-сентября 1999 года в ходе операции было уничтожено 337 боевиков (в их числе — 29 снайперов), 14 минометов, 8 зенитных установок, взято в плен 48 бандитов, задержан по подозрению в принадлежности к бандформированиям 251 человек, захвачено 4 склада с боеприпасами, два склада взорваны.
С началом второго этапа контртеррористической операции генерал Михаил Паньков возглавил группировку внутренних войск на территории Чеченской республики. Высокий уровень профессиональной подготовки командующего и подчиненных ему генералов и офицеров, грамотная организаторская работа и глубокое знание тактики и способов действий войск позволили в короткие сроки провести зачистку от боевиков крупных населенных пунктов Горагорск, Знаменское, Шелковская, Толстой-Юрт, Суворов-Юрт, Червленная, Майское, Терское. Михаила Анатольевича видели то в одной части, то в другой — генерал Паньков работает в войсках решительно и смело, нередко с риском для жизни идет рядом с командирами частей и подразделений для принятия решения непосредственно в боевых порядках, особенно при возникновении непредвиденных ситуаций, при осложнении обстановки.
Так, 14 октября 1999 года при проведении спецоперации в населенном пункте Знаменское подразделение внутренних войск попало в засаду боевиков. Находясь на выездном командном пункте, генерал Паньков взял на себя руководство действиями 17-го отряда спецназа. В ходе боя подразделение внутренних войск было выведено из-под огня противника, а бандгруппа из 17 человек была ликвидирована...
Внутренние войска МВД России в рамках контртеррористической операции провели уже к декабрю 1999 года более 130 специальных операций против вооруженных бандформирований и их пособников, по обнаружению и изъятию оружия, боеприпасов и военной техники у населения, а также проверке паспортного режима. Результат: взяты под контроль более 90 населенных пунктов на территории Дагестана и Чечни, задержано за преступления и административные правонарушения 133 человека, изъято 203 единицы огнестрельного оружия, около 400 ручных гранат, более 10 тысяч различных боеприпасов. Обнаружено и уничтожено более 660 взрывоопасных предметов. А еще внутренние войска задерживали автомашины, перевозившие ворованные грузы, уничтожали минизаводы по производству левых ГСМ.
