Конечно, преподавание отнимало у Линнея очень много времени. Но он успевал заниматься и наукой. Его научная продуктивность просто поражает воображение. Почти каждый год он издавал основательный труд. Кроме того, в 1742 году Линней взялся за восстановление ботанического сада, который еще со времен пожара 1702 года оставался в запустении. Ученый посвятил этому делу 6 лет упорного труда. Он пользовался своими обширными научными связями и выписывал растения из многих ботанических садов Европы. К 1748 году упсальский сад насчитывал уже около 500 местных растений и 1100 экзотических. Последнее число особенно удивительно, если вспомнить, что Упсала находится на одной широте, например, с Петербургом. В 1748 году Линней издал сочинение «Упсальский сад», в котором отчетливо видны результаты его стараний.
В 1744 году Линней и Андерс Цельзий были представлены кронпринцу Швеции как светила университета. В этом же году Линней был избран секретарем Упсальского научного общества. Интересно, что это назначение помогло ему немало сэкономить на почтовых отправлениях. Масштабная переписка с учеными и пересылка научных материалов обходились ученому очень дорого. Теперь же он мог пользоваться почтой от имени научного общества и за казенный счет.
В целом Линней был очень счастлив, тем более что в 1743 году Сара Лиза родила дочь. Он наконец получил признание, имел возможность заниматься любимым делом, не думая о хлебе насущном. Об этом периоде жизни он писал: «Линней теперь имеет почет, у него есть дело, для которого он рожден, он имеет деньги, часть которых принесла ему женитьба, у него есть любимая жена, прекрасные дети и славное имя; он живет в превосходном и очень удобном доме, перестроенном для него академией, он видит сад, который становится с каждым днем совершеннее. Что еще хотел бы иметь для себя человек, у которого есть все, даже бесконечное удовлетворение от того, что он может найти в своих коллекциях так много минералов, в гербарии и в саду множество растений, в кабинете такое множество насекомых, а в ящиках так много рыб, наклеенных на листы? Все это у него есть сверх его собственной библиотеки, всем этим он может заниматься и даже наслаждаться».
В 1747 году Линней, с подачи графа Тессина, получил титул архиатра — главного врача. До этого он уже был награжден несколькими королевскими медалями. Впрочем, этот титул, кроме почестей, принес с собой дополнительные затраты: за звание приходилось платить большую пошлину. Поскольку Линней как врач не практиковал, а пошлина была очень обременительна, ученому пришлось ходатайствовать о ее снятии.
1748 год был омрачен несколькими событиями, самым трагичным из которых стала смерть отца Линнея. Не все гладко было и в университете. Ученый подвергся нападкам со стороны богословов. Это было так неприятно чувствительному к критике Линнею, что он даже собирался отказаться от дальнейших публикаций своих работ. Кроме того, жалоба одного из студентов привела к необходимости оправдываться перед ректором университета. Но все университетские неприятности благополучно завершились. Весной-летом 1749 года Линней предпринял исследовательское путешествие по Южной Швеции.
В 1750 году Карл Линней стал ректором университета. Этот пост занимали на срок шесть месяцев. С ректорством совпала серьезная болезнь ученого, его терзали подагра и ревматизм. Линней сам прописал себе лечение: ежедневно съедать тарелку земляники. Интересно, что он быстро поправился, когда его ученик Кальм приехал из путешествия и привез с собой интересные материалы.
В 1753 году году Линней занимался систематизацией королевских естественно-научных коллекций и собрания графа Тессина. Король наградил ученого орденом Полярной звезды. Такой чести до этого не удостаивались ни врачи, ни ученые. В этом же году Линней завершил двадцатипятилетнюю работу над своей наиболее значительной книгой «Виды растений».
В 1757 году Линней получил дворянский титул. Именно благодаря этому событию латинизированное имя Carolus Linnaeus было изменено на французский манер Karl von Linne. Впоследствии последний вариант стал употребляться чаще. Вскоре Линней стал землевладельцем. Он приобрел небольшой хутор Сэфья и имение Хаммарбю в окрестностях Упсалы. В своем имении Линней отныне проводил летние месяцы. Здесь он построил специальный домик для своей коллекции, разбил сад.
В 1762 году сейм утвердил дворянство Линнея. Герб, который придумал себе Линней, был утвержден не сразу и с некоторыми изменениями. Вот какой вид он принял в конце концов. В центре щита помещалось яйцо, символизирующее природу, постоянно возобновляющуюся с его помощью. С трех сторон от него — три короны, обозначающие три царства природы. Шлем увенчивало растение линнея, описанное ученым и названное в его честь. Внизу помещен девиз: «Famam extendere factis» («Делами увеличивать славу»).
