В июле 1792 года командовавший русскими войсками генерал Каховский повел решительное наступление. Сражение произошло у деревни Дубенки, где был расположен русский отряд. Вся сила удара русских войск была обрушена на один арьергард Костюшко, так как командующий силами поляков Понятовский расположил остальные польские части далеко от места сражения и они не смогли принять участия в этом бою. Несмотря на отчаянное сопротивление, отряд Костюшко был окружен и, потеряв почти все пушки, с остатками батальонов был вынужден отступить. Этот бой решил исход всей кампании. Понятовский отвел польскую армию на запад, не решаясь далее продолжать военные действия.
Как ни жестоко было поражение поляков под Дубенками, оно прославило имя Костюшко среди польского народа. И все же он подал в отставку. Костюшко перестал верить в успех затеянной борьбы. В октябре 1792 года он уехал за границу.
В декабре 1793 года Костюшко приехал в Варшаву. Он был провозглашен «наивысшим начальником всех сил народной обороны» с неограниченными полномочиями диктатора. Став открыто во главе восстания, он опубликовал манифест к польскому народу, призывая всех вставать под польские знамена и жертвовать на общее благо деньги, припасы, лошадей и другое имущество.
Затем Костюшко поспешил на помощь к генералу Мадалинскому, против которого был выслан 5-тысячный отряд генерала Тормасова. Костюшко успел не только соединиться с восставшим генералом, но и выбрать выгодную для боя позицию и укрепить ее. Теперь под его общим командованием находились до четырех тысяч пехоты и кавалерии при двенадцати орудиях.
4 апреля разгорелось сражение, продолжавшееся весь день и отличавшееся редким упорством с обеих сторон. Все атаки русских были отбиты, а затем поляки сами перешли в наступление и заставили противника отступить. Победа Костюшко вызвала всеобщее ликование в Польше и привела под его знамена новых сторонников.
В конце апреля Костюшко объявил «посполитое рушение», по которому все мужское население Польши, от пятнадцати до пятидесяти лет, призывалось встать в ряды польской армии. А 7 мая был выпущен манифест, который призывал всех поляков объединиться для борьбы с общим врагом.
Манифест этот успеха не имел – помещики увидели в нем нарушение своих вековых привилегий, крестьяне также отнеслись к нему с недоверием, поскольку в манифесте говорилось, что обещанные льготы и свободы подлежат пересмотру на будущем сейме.
Вера в успешный исход восстания была окончательно потеряна, когда стало известно, что во главе русских войск в Польше поставлен А.В. Суворов.
4 сентября Суворов подошел к Кобрину, где стояли польские войска генерала Сераковского, и трижды последовательно разбил их. Впечатление в войсках от победы Суворова было так сильно, что Костюшко издал приказ, в котором объявлял: «Если кто будет говорить, что против москалей нельзя удержаться, или во время битвы станет кричать, что москали зашли в тыл, тот будет расстрелян. Приказываю пехотной части держать позади линию с пушками, из которых будут стрелять по бегущим. Пусть всякий знает, что, идя вперед, получает победу и славу, а покидая поле сражения, встречает срам и смерть».
Но и такие суровые меры не привели к успеху. Намереваясь не дать соединиться Суворову с другими силами, Костюшко тайно выехал из Варшавы в лагерь польских войск в Корытинцу. Здесь он предполагал дать генеральное сражение, хотя все силы поляков не превышали и девяти тысяч, в то время как у противника их было не менее 18 тысяч.
10 октября у деревни Мациовицы начался бой, который стал роковым для Костюшко. Поляки были окружены со всех сторон и, несмотря на стойкое сопротивление, разбиты. Сам Костюшко, тяжело раненный в голову и ногу, был взят в плен. Он был отправлен в Петербург, где содержался в заточении до самой кончины императрицы Екатерины II. Однако пожаловаться на дурное обращение он не мог. Взошедший на престол Павел I даровал ему и другим пленным полякам свободу. Все они были приведены к присяге на верность России и императору Павлу.
Костюшко жил в полном уединении под Парижем. Лишь после взятия Парижа союзными войсками в 1813 году надежды Костюшко несколько оживились.
Император Александр I, прибыв в Париж, имел с Костюшко долгий разговор о будущем устройстве Польши. Он уверил Костюшко, что твердо решил дать Польше конституцию, и просил его помочь в работах по устройству Польши. Однако скоро Костюшко снова пришлось пережить разочарование. Когда во время Венского конгресса он приехал в Вену и возобновил там разговор о польском вопросе, Александр I дал ему понять, что его надежды на восстановление Польши не имеют под собой почвы.
Костюшко покинул Вену и переселился в Швейцарию, где и скончался 15 октября 1817 года «от нервной горячки».
