В Польше Юрию Мнишеку не удалось уговорить сейм поддержать Лжедмитрия II, а в апреле 1609 года Сигизмунд сам собрался идти на Русь – брать себе Смоленск. Когда же он стоял под Смоленском, дядя Марины Стадницкий, уполномоченный королем, письменно предложил ей отказаться от притязаний на русский престол, за что ей давали землю Сноцкую с доходами от Самборской экономии. Данное предложение обидело московскую царицу, и Марина ответила отказом.
А в декабре в Тушино прибыли королевские послы с поручением отвлечь тушинских поляков от Лжедмитрия и взять их на королевскую военную службу.
Но тут последовал побег Лжедмитрия II из тушинского лагеря: донские казаки на телеге вывезли его в Калугу. После его бегства послы обратились к «московской партии» тушинцев, во главе которой стоял Филарет. В результате было принято общее решение о том, что на русском троне желательно видеть лишь «потомство» Сигизмунда, с Шуйским же и Лжедмитрием дел иметь не следует. Марина все видела, но была бессильна. Она поняла, что отныне ее единственным шансом в борьбе за престол стал Лжедмитрий. Она, правда, попыталась после бегства супруга переломить ход событий: с распущенными волосами, в слезах, она ходила из ставки в ставку по лагерю, заклиная воинов быть верными ее мужу и жалуясь на поляков. В результате около 3 тысяч человек во главе с князьями Трубецким и Засекиным уехали в Калугу. Марина поняла, что пока она сделала все, что могла.
В июне 1610 года под Клушином гетман Жолкевский, посланный Сигизмундом на Москву, разбил московское войско под командованием брата царя, князя Дмитрия Шуйского. Узнав об этом, Лжедмитрий выступил на Москву. Вместе с Мариной. Во главе калужан они вошли в село Коломенское, где встали лагерем. Здесь они узнали о пострижении царя Василия Шуйского и о присяге москвичей 17 августа 1610 года польскому королевичу Владиславу. К Лжедмитрию и Марине прибыли послы Жолкевского с предложением отступиться от московского престола, за что им были обещаны разные милости. Отказав послам, Лжедмитрий и Марина ушли в Калугу. С ними ушел и атаман Заруцкий. Это было существенным приобретением, ибо атаман был фигурой известной и сильной.
А в то время первый боярин Боярской думы князь Мстиславский, извещая Россию о присяге Владиславу, убеждал всех окружной грамотой от 30 августа: «Марину Мнишкову, которая была за убитым расстригой, Гришкой Отрепьевым, и с нынешним вором по московскому государству ходит, государыней московской не называти и смуты никоторне вперед в Московском государстве не делати и отвести ее в Польшу».
Лжедмитрий от огорчения предался разгулу и пьянству, а 11 декабря 1610 года погиб на охоте. Марине пришлось почти окончательно проститься с мечтой о московском троне. Правда, она надеялась, что появившийся вскоре сын, нареченный Иваном, даст ей возможность все-таки остаться царицей. Но ее связь с Заруцким была всем известна, и московские бояре, бывшие при Лжедмитрии II, не захотели служить ни вдове, ни ее сыну, а взяли Марину под стражу и обо всем известили Москву.
Марину перевели из Калуги в Коломну, где она содержалась почти по-царски, ибо Ляпунов, лидер первого ополчения, частично признал права ее сына. Тем временем усиливался ее верный сторонник Заруцкий. Вместе с Ляпуновым он возглавил первое ополчение, а потом единолично возглавил все войско. Но в Ярославле и Нижнем Новгороде Пожарский и Минин уже собирали второе ополчение. Заруцкому в нем места не было.
Атаман уходит в Коломну и, «взяв там царицу, отправился с ней в Михайлов», откуда «он в течение лета и зимы дрался с Москвой». Эти полгода убедили его, что на Москве ему правителем не быть, как не быть в ней Марининому сыну царем. Москва начала стягивать против Заруцкого свои силы и в конце сентября 1613 года дала ему генеральное двухдневное сражение, в котором победителей не было. Но все же Заруцкий с Мариной ушел в Астрахань. Здесь Заруцкий вел себя крайне неразумно. Он грабил и убивал без меры, а все грамоты писал от имени «государя царя и великого князя Дмитрия Ивановича всея Руссии, и от государыни царицы и великой княгини Марины Юрьевны всея Руссии, и от государя царевича и великого князя Ивана Дмитриевича всея Руссии». Бунт не заставил себя ждать. Атаман, опасаясь московского войска, решил бежать. Сначала было решено спасаться в глубине страны, потом передумали и решили бежать морем. Но когда опять проходили мимо Астрахани, то их отряд был разбит и лишь Заруцкому и Марине с сыном да горсти казаков удалось скрыться. Они ушли на реку Урал, где их настигли правительственные войска. И тогда казаки выдали своего атамана, его жену и ее сына. Всех троих привезли в Москву, и даже Марину везли скованной.
Этим же летом в Москве Заруцкого посадили на кол, трехлетнего сына Марины повесили, а ее саму сослали в Коломну, где она умерла то ли в самом конце этого же 1614 года, то ли в самом начале следующего.
