Во время пребывания Кромвеля в Шотландии полковник Прайд окружил парламент войсками и арестовал всех противников Кромвеля. Имея в своем распоряжении все военные силы страны, Кромвель твердо решил вести войну до конца. Однако почти целый год он колебался в вопросе о том, предавать ли короля суду.
Лишь 26 января 1649 года Верховный суд, учрежденный по предложению Кромвеля, приговорил короля к смертной казни, по исполнении которой страна была объявлена республикой. Палата лордов была уничтожена, законодательная власть предоставлена одной нижней палате, а исполнительная власть вручена Государственному совету, избираемому парламентом на год.
Предоставив управление страной палате и совету, Кромвель принял вновь командование над армией и отправился в Ирландию и Шотландию для усмирения вспыхнувших там мятежей. Подавление восстания в Ирландии продолжалось почти девять месяцев и было достигнуто ценою неслыханных жестокостей. Вторжение же Кромвеля в Шотландию явилось самостоятельной войной, главной целью которой был срыв замыслов сына покойного Карла I, пытавшегося вернуть себе престол с помощью шотландцев под командованием Александра Лесли.
3 сентября 1651 г. в сражении при Вустере Кромвель одержал блестящую победу над войсками Лесли, после которой шотландцы признали себя побежденными.
Около трех лет Кромвель, оставаясь главнокомандующим, не принимал прямого участия во внутреннем управлении. Между тем в парламенте и Государственном совете шли внутренние раздоры. Против Кромвеля и его армии назревала сильная оппозиция. Она требовала роспуска войск и с этой целью стала задерживать им жалованье.
Тогда весной 1652 года после бесплодных попыток к примирению с депутатами Кромвель явился со своими солдатами в палату и объявил, что вынужден «волею Божиею распустить парламент на пользу народа». Вслед за тем по предложению Кромвеля армия сама выбрала 139 депутатов из убежденных пуритан. Но и эта палата просуществовала недолго, и через несколько месяцев все эти депутаты, не желая быть послушным орудием в руках армии, сами сложили свои полномочия.
После этого представители армии выработали новую конституцию, и 16 декабря 1653 года генерал Ламберт «от имени армии и трех наций» предложил Кромвелю принять звание пожизненного лорда-протектора Республики английской, шотландской и ирландской. Кромвель торжественно принес присягу и подписал особый конституционный акт, где в 42 пунктах были изложены правила управления государством. Опираясь на армию, он очень скоро сумел сосредоточить в своих руках всю полноту власти и стал управлять страной почти неограниченно.
Прежде ему приходилось вести борьбу против короля и роялистов, теперь же к числу его врагов присоединились и те республиканцы, которые видели в нем узурпатора и изменника. Твердо веря в то, что он призван осуществить волю Промысла, Кромвель употребил всю энергию на восстановление внутреннего порядка в государстве. Менее чем в два года он сумел внести в страну полное успокоение. Ввиду заметного оживления торговли и промышленности увеличился приток денег в государственную казну, а это, в свою очередь, позволило Кромвелю увеличить и довести до высшей степени совершенства английский флот.
Кромвель пользовался огромным влиянием по всей Европе как умный и тонкий дипломат. При нем Англия покрыла себя славой в войне с Испанией, завладела частью Вест-Индских островов, приобрела крепость Дюнкирхен на фламандском берегу и заключила чрезвычайно выгодный для английской торговли договор с Голландией.
Несколько лет Кромвель управлял государством единолично, но когда из-за войны с Испанией средства государственного казначейства иссякли, он был вынужден вновь созвать парламент. Почти одновременно последовало разоблачение заговора на жизнь лорда-протектора.
Когда в день открытия парламента в 1656 году депутаты узнали о заговоре, палата постановила восстановить верхнюю палату и королевскую власть в лице Кромвеля. После долгих переговоров Кромвель, зная, что армия не хочет восстановления монархии, отклонил предложение принять корону. Тогда парламент настоял на преобразовании протектората в конституционную монархию, но без короля, с вверением лорду-протектору королевских прерогатив и права назначения себе преемника.
Кромвель поселился в королевских покоях и скончался 3 сентября 1658 года, в годовщину своих побед при Донбаре и Вустере.
После возвращения в Англию Стюарта труп Кромвеля был извлечен из гробницы и посмертно обезглавлен.
