Восприняв идеи структурализма от Фердинанда де Соссюра, Мейе продолжал развивать сравнительно-исторические исследования, учитывая при этом положения о системности языка и его социальном характере. Он придал классическую форму сравнительно-историческому методу внешней реконструкции, и в этом виде данный метод существует и в наши дни. Не отказываясь от представления о том, что индоевропейский праязык когда-то реально существовал, Мейе предпочитал называть праязыком совокупность «соответствий между различными индоевропейскими языками, отражающих древние общие формы». Он утверждал: «Любой, кто хочет услышать, как говорили индоевропейцы, должен прийти и послушать литовского крестьянина». Законом в лингвистике он считал формулу регулярных соответствий между языками. В области индоевропейских исследований Мейе внес особенно большой вклад в славистику и арменистику. Основная часть его многочисленных работ составляют труды по индоевропеистике и отдельным языкам и группам индоевропейской языковой семьи: славянским, германским, иранским, хеттским, греческому, армянскому и др. Вместе с французским лингвистом Альфредом Эрну (1879–1973) он составил наиболее авторитетный этимологический словарь латинского языка «Этимологический словарь латинского языка» (Dictionnaire étymologique de la langue latine) (1932). Мейе также исследовал индоевропейские корни греческой эпической поэзии. Ученый утверждал: «Гомеровский эпос полностью состоит из формул, передаваемых от поэта к поэту. Изучение любого отрывка быстро покажет, что он состоит из строк и фрагментов строк, которые слово в слово воспроизводятся в одном или нескольких других отрывках. Даже те строки, отдельные части которых случайно не повторяются ни в одном другом отрывке, имеют тот же шаблонный характер, и, несомненно, чистая случайность, что они нигде не подтверждены». Мейе полагал, что устно-формульная композиция может быть отличительной чертой устно передаваемых эпосов, например «Илиады». Он подчеркивал социальный характер языка и стал одним из предтеч современной социолингвистики. Для Мейе язык представлял собой «социальную реальность», не существующую вне общества. В 1918 году Мейе опубликовал обзор языковой ситуации в послевоенной Европе «Языки в новой Европе» (Les langues dans l’Europe nouvelle). В связи с публикацией этой книги Мейе порой называют основоположником французской «социологической школы в лингвистике». В 1912 году Мейе впервые употребил термин «грамматикализация», означающий языковое изменение, при котором в ходе эволюции языка слова превращаются в грамматические показатели. Ученый вместе со своим учеником, французским лингвистом Марселем Коэном (1884–1974), предпринял в 1924 году коллективное многотомное издание «Языки мира» (Les langues de monde), где впервые все языки предполагалось описать по единой схеме (издание не было завершено). Мейе был основателем и первым главным редактором ведущего журнала по арменистике Revue des Études Arméniennes в 1920 году. А в 1921 году он стал одним из основателей Revue des études slaves. Он является автором книг «Введение в сравнительно-историческое изучение индоевропейских языков» (Introduction а l'étude comparative des langues indo-européenes) (1903), «Набросок сравнительной грамматики классического армянского языка» (Esquisse d’une grammaire comparée de l’arménien classique) (1903), «Индоевропейские диалекты» (Les dialectes indo-européens) (1908), «Обзор истории греческого языка» (Aperçu d’une histoire de la langue grecque) (1913), «Историческое языкознание и общее языкознание» (Linguistique historique et linguistique générale) (1921, 1926–1936), «Индоевропейское происхождение греческих метров» (Les origines indo-européennes des mètres grecs) (1923), «Сравнительный метод в исторической лингвистике» (La méthode comparative en linguistique historique) (1925), «Очерк истории латинского языка» (Esquisse d’une histoire de la langue latine) (1928) и др.
