В 1306 году Филипп изгнал из Франции евреев, а затем – рыцарей-тамплиеров. И у тех и у других он ранее сделал большие принудительные займы и, вместо того, чтобы вернуть их, предпочел удалить из страны своих кредиторов. Также для того, чтобы получить новые средства и поддержку в противостоянии с папой, Филипп в апреле 1302 года созвал первый французский парламент – Генеральные штаты, который должен был вотировать новые налоги. В состав парламента вошли бароны, представители духовенства и юристы. Депутатам зачитали подложную папскую буллу, после чего они обещали королю поддержку в любых действиях по защите государства и прав церкви во Франции от посягательств папы. Безоговорочной эта поддержка была со стороны горожан и дворянства северных провинций, выразивших готовность осудить папу Бонифация как еретика. Дворяне и горожане южных провинций, а также все духовенство были настроены гораздо умереннее. Епископы лишь просили папу разрешить французским клирикам не участвовать в церковном соборе, на котором предлагалось отлучить от церкви короля Филиппа. Папа ответил на решение Генеральных штатов буллой «Единая Святая», где утверждал: «Духовная власть должна ставить земную власть, и судить ее, если она уклонилась от истинного пути…» Здесь Бонифаций сформулировал теорию двух мечей – духовного и светского. Духовный меч – в руках у папы, светский – в руках государей, но обнажать его они могут лишь с санкции папы и для защиты интересов церкви. Подчинение папы возводилось в догмат веры. Папа грозил отлучением от церкви не только королю Филиппу, но и всему французскому народу, если он поддержит короля в борьбе с церковью. В апреле 1303 года папа отлучил короля от церкви и освободил семь церковных провинций в долине Роны от королевской присяги. Однако французское духовенство, вопреки требованию папы, на собор не явилось. Тем временем организованная Филиппом контрпропагандистская кампания имела успех. В ответ Филипп созвал собрание высшего духовенства и дворянства, на котором канцлер и хранитель королевской печати Гийом де Ногаре обвинил Бонифация в ереси и злодейских преступлениях. На этом собрании Филипп объявил Бонифация лжепапой и обещал созвать собор для выборов истинного папы. Один из ближайших советников короля легист и канцлер Гийом Ногаре был отправлен к папе с вызовом на церковный собор в сопровождении вооруженного отряда. Папа бежал из Рима в город Ананьин, но 7 сентября 1303 года отряд Ногаре добрался и туда. Бонифаций был заключен под арест, но категорически отказался отречься от сана. Через несколько дней горожане восстали, выгнали французов и освободили папу. После встречи с Ногаре папа заболел, и месяц спустя, 11 октября 1303 года, 85‑летний Бонифаций скончался.
Преемник Бонифация Бенедикт XI правил всего несколько месяцев и внезапно умер, пережив Бонифация всего на десять месяцев. Затем в июне 1305 года, после многомесячной борьбы, под давлением Филиппа папой был избран архиепископ Бордо Бертран де Го, принявший имя Климента V. Король предоставил ему для постоянного пребывания город Авиньон, положив начало «авиньонскому пленению пап». Климент ввел в конклав несколько кардиналов-французов, гарантировав в будущем избрание пап, угодных французским королям. В специальной булле Климент полностью поддержал позицию Филиппа в споре с Бонифацием, назвав его «добрым и справедливым королем», и отменил буллу «Единая Святая». Однако он отказался поддержать обвинения в адрес Бонифация в ереси и противоестественных пороках, а также произвести над ним посмертную казнь – вырыть и сжечь труп.
Филипп смог прирастить французскую территорию за счет нескольких княжеств, пограничных с Германской империей. Власть короля признали также города Лион и Валансьен.
В 1308 году Филипп попытался сделать германским императором Карла Валуа, когда престол оказался вакантным после убийства императора Альбрехта Австрийского. Некоторые приближенные рекомендовали Филиппу самому попытать счастья в борьбе за имперскую корону. Однако создание столь мощного государства – в случае унии Франции и Германии – испугало всех соседей Франции, тем более что Филипп ясно обозначил свое намерение присоединить к своему королевству левый берег Рейна. Германские князья выступили против Карла Валуа, которого не поддержал даже папа Климент V. Императором избрали Генриха Люксембургского.
