Весной 1861 года супруги появились в Египте. На все расспросы они отвечали, что желают поохотиться в окрестностях Голубого Нила. На поиски истоков Нила Бейкер отправился, не ставя никого в известность о своих планах.
В апреле чета Бейкеров отплыла из Каира вверх по Нилу. Первый год своего пребывания в Африке Бейкеры посвятили путешествию по восточной части Египетского Судана и соседним районам Эфиопии. По долине Атбары и затем вдоль ее правого притока Сетита (Таказзе) они проникли в глубь Эфиопского нагорья, оттуда прошли на юго-запад через область верховьев Атбары к Рахаду и Диндеру - правым притокам Голубого Нила и спустились по Голубому Нилу до Хартума.
В июле 1862 года они прибыли в Хартум, резиденцию египетского генерал-губернатора. Город в месте слияния Голубого и Белого Нила был центром работорговли, коррупции и бесстыдного обогащения. Сэмюэлу и Флоренс Бейкер стоило больших денег и терпения нанять здесь три судна с экипажами, на которых они в декабре отправились вверх по Нилу. В папирусовых джунглях Сэдда им пришлось нелегко едва переносимая влажность воздуха, насекомые и змеи, страшные стычки между членами экипажа, обессиленными и раздраженными непрерывной борьбой с дикой растительностью, которая распространилась по поверхности воды. Немногим лучше было и в Гондокоро, последнем населенном пункте перед серией порогов. Бейкер назвал его "Колонией убийц" - работорговцев, хотевших любой ценой помешать экспедиции.
В декабре 1862 года они отправились из Хартума в Гондокоро и прибыли туда за две недели до Спика и Гранта. С восторгом встретив своих соотечественников и искренне поздравив их с успешным выполнением поставленной перед ними задачи, Бейкер вместе с тем слегка упал духом при мысли о том, что проблема истоков Нила разрешена без его участия.
26 марта 1863 года экспедиция Бейкера выступила из Гондокоро, следуя за купеческим караваном, который направлялся в расположенную к востоку от Бахр-эль-Джебеля страну Лотуко. В горах Лотуко - северных отрогах Восточно-Африканского плоскогорья - пришлось надолго задержаться, пережидая сезон дождей. Только в начале января 1864 года Бейкер и его спутники двинулись на юг в Буньоро. По пути они перешли вброд Асву, которая в это время года представляла собой лишь узкий ручеек, так была опровергнута версия о том, что эта река может являться главным истоком Нила. 22 января караван вышел к Виктория-Нилу недалеко от порогов Карума. Бейкеру удалось убедить прибывших вскоре к порогам послов. Камраси в том, что он пришел в их страну с мирными целями; при этом он назвался братом Спика, оставившего о себе в Буньоро самые хорошие воспоминания. Английский исследователь был допущен в Мрули, столицу Буньоро. Долгие переговоры закончились тем, что Бейкер получил разрешение отправиться к интересовавшему его озеру, которое, как выяснилось, называлось не Лута-Нзиге, а Мвутан-Нзиге.