До 1941 года Тишков работал в различных подразделениях центрального аппарата контрразведки. С начала Великой Отечественной войны ему было поставлено персональное задание по контрразведывательному обеспечению формировавшейся на территории СССР польской армии под командованием генерала В. Андерса. Первоначально планировалось, что создаваемая в результате соглашения между польским эмигрантским правительством, находившимся в Лондоне, и правительством СССР польская армия будет задействована в совместной борьбе против фашизма на советско-германском фронте. Однако вскоре стало ясно, что основной целью генерала, действовавшего в интересах своего эмигрантского правительства и при активной поддержке англичан и американцев, было восстановление польского буржуазного государства без участия в его руководстве прогрессивных сил страны. Тишкову пришлось проделать большую работу по разоблачению замыслов генерала, предотвратить ряд недружественных действий с его стороны по отношению к СССР.
В апреле 1944 года Тишков был командирован в Югославию в качестве офицера по связи советского военного командования при Генеральном штабе Народно-освободительной армии. Однако основной задачей возглавляемого им небольшого аппарата советских чекистов была организация контрразведывательного обеспечения безопасности верховного главнокомандующего Народно-освободительной армией и партизанских отрядов Югославии и председателя Национального комитета освобождения страны Иосипа Броз Тито и его соратников. За образцовую работу Тишков был награжден советским и югославским орденами.
В Югославии Арсений Васильевич находился до 1946 года. После окончания войны он являлся помощником начальника советской военной миссии в этой стране.
В октябре 1946 года Тишкова направляют резидентом советской внешней разведки в Венгрию. В качестве прикрытия он являлся советником посольства.
Как уже отмечалось выше, 30 мая 1947 года Совет Министров СССР принял постановление о создании Комитета информации (КИ) при Совете Министров СССР, на который возлагались задачи политической, военной и научно-технической разведки. Единый орган разведки возглавил В. М. Молотов, бывший в то время заместителем Председателя Совета Министров СССР и одновременно министром иностранных дел. Его заместителем, который занимался участком внешней разведки, был назначен опытный чекист, в прошлом руководивший работой разведывательных и контрразведывательных подразделений органов госбезопасности Петр Васильевич Федотов.
Для руководства разведаппаратами за рубежом в КИ был введен так называемый институт Главных резидентов, которыми, как правило, назначались послы или посланники.
С созданием Комитета информации Тишков был назначен Чрезвычайным и Полномочным Послом Советского Союза в Венгрии. Возглавляемая им резидентура добилась значительных успехов по всем направлениям разведывательной деятельности.
После возвращения в Москву в 1950 году Тишков был назначен заместителем начальника, а в 1951 году – начальником управления нелегальной разведки Комитета информации. В течение трех лет он руководил разведывательной работой в зарубежных странах с нелегальных позиций.
Затем перед Арсением Васильевичем была поставлена новая для него, но весьма ответственная и почетная задача: принять непосредственное участие в воспитании и обучении новых поколений советских разведчиков. В 1954 году он назначается заместителем, а в 1960 году – начальником Высшей разведывательной школы (ВРШ, или, как ее еще называли, Школа № 101) КГБ при СМ СССР, готовившей кадры для внешней разведки.
В 1965 году А. В. Тишкову было присвоено воинское звание генерал-майора.
Арсений Васильевич принимал активное участие в составлении учебных пособий для молодых разведчиков, читал лекции, выступал с научными статьями и докладами. Многие видные сотрудники внешней разведки 1970—1980-х годов прошли в свое время его школу.
В 1967 году Тишков вышел в отставку по выслуге лет.
За большие заслуги в деле обеспечения государственной безопасности генерал-майор Тишков был награжден орденом Красного Знамени, двумя орденами Красной Звезды, двумя орденами «Знак Почета», многими медалями, югославским орденом «Партизанская звезда», медалями ряда иностранных государств, а также нагрудными знаками «Заслуженный работник НКВД» и «Почетный сотрудник госбезопасности».
Выйдя на заслуженный отдых, ветеран разведки принимал активное участие в общественной жизни Службы: часто встречался с молодыми сотрудниками, передавал им свой богатый оперативный опыт.
В 1974 году в московском издательстве «Молодая гвардия» вышла фундаментальная книга А. В. Тишкова «Дзержинский», выдержавшая впоследствии четыре переиздания. Он являлся также автором ряда других публикаций.
Скончался Арсений Васильевич Тишков 19 сентября 1979 года.
