С началом Великой Отечественной войны «Калистрату» было поручено вести разработку ряда перспективных иностранцев, а также руководить ценной агентурой по линии научно-технической разведки. Оперработник успешно справился с поставленными задачами. Он активно работал по проблемам разработки американцами атомного оружия. От его источников были также получены и направлены в Центр ценные сведения в области военной авиации, ракетной техники, электроники, в том числе о новейших в то время сонарах, радарах, прицельных системах, зенитных радиовзрывателях, компьютерах. В сентябре 1946 года разведчик возвратился в Москву.
В августе 1947 года Феклисов выехал на работу в Англию в качестве заместителя руководителя лондонской резидентуры по линии научно-технической разведки. Одной из основных задач, стоявших перед его группой, являлось добывание достоверной секретной информации о ходе работ в США и Англии над созданием ядерного оружия. «Калистрат» принимал непосредственное участие в решении данной проблемы, поддерживая оперативную связь с проживавшим в Лондоне видным ученым-ядерщиком Клаусом Фуксом. И не случайно И. В. Курчатов в одном из писем руководству МГБ СССР подчеркивал: «Советская разведка оказала неоценимую помощь при создании советского ядерного оружия».
Испытание первой атомной бомбы в СССР вызвало потрясение во всем мире и шок у правящей элиты США. В правительственных кругах США и Англии пришли к выводу о том, что секреты атомного оружия были похищены советскими агентами, работавшими в американском центре ядерных исследований в Лос-Аламосе, где создавалась американская атомная бомба. ФБР приступило к тщательному расследованию. Активному изучению подверглись все лица, приезжавшие в Лос-Аламос, в том числе и Клаус Фукс. Британская контрразведка взяла Клауса Фукса в интенсивную разработку, а 3 февраля 1949 года он был арестован и позже приговорен к 14 годам тюремного заключения. Ученый вышел из английской тюрьмы в июне 1959 года. Он отказался от весьма престижных предложений заниматься научной работой на Западе и улетел в Восточный Берлин.
В связи с начавшимся судом над Клаусом Фуксом Центр принял решение о прекращении служебной командировки «Калистрата». В начале апреля 1950 года он возвратился в Москву.
С середины 1950 года по август 1960 года Феклисов занимал ряд руководящих должностей в центральном аппарате внешней разведки. Одновременно в период с июня 1953 по декабрь 1955 года он находился в Праге, являясь заместителем главного советника МВД – КГБ по разведке при МВД ЧССР. В 1959 году принимал непосредственное участие в организации и обеспечении безопасности визита Первого секретаря ЦК КПСС, председателя Совета Министров СССР Н. С. Хрущева в США.
С 1960 по 1964 год Феклисов возглавлял резидентуру советской внешней разведки в Вашингтоне. Принимал непосредственное участие в разрешении Карибского ракетно-ядерного кризиса 1962 года, организовав неофициальный опосредованный контакт руководителей двух противоборствующих стран. В результате Советский Союз принял предложение США о демонтаже ракет на Кубе. Взамен США обязались вывести свои ракеты «Юпитер» с территории Турции, а также снять блокаду Кубы и не нападать на нее.
Возвратившись в Москву, Александр Семенович работал на руководящих должностях в ПГУ КГБ СССР. С 1969 года находился на преподавательской работе: являлся заместителем начальника Краснознаменного института КГБ (ныне – Академия внешней разведки) и одновременно начальником одного из его факультетов. Кандидат исторических наук. Много сил и энергии он отдавал воспитанию будущих разведчиков.
В 1974 году полковник Феклисов вышел в отставку по возрасту. За заслуги в разведывательной работе он был награжден двумя орденами Трудового Красного Знамени, орденом Отечественной войны I степени, двумя орденами Красной Звезды, орденом «Знак Почета», многими медалями, а также нагрудными знаками «Почетный сотрудник госбезопасности» и «За службу в разведке».
Находясь в отставке, Феклисов принимал активное участие в воспитании молодого поколения сотрудников внешней разведки, занимался исследовательской и публицистической деятельностью. В 1994 году вышла его книга мемуаров «За океаном и на острове», а в 1999 году – «Признание разведчика». В них А. С. Феклисов рассказал в доступной форме о своей разведывательной деятельности за рубежом.
15 июня 1996 года Указом Президента Российской Федерации за выдающийся вклад в обеспечение безопасности нашей страны Александру Семеновичу Феклисову было присвоено звание Героя России.
Скончался Александр Семенович 26 октября 2007 года.
