Гоголь писал Плетневу: «Сочинения мои так связаны тесно с духовным образованием меня самого и так мне нужно до того времени вынести внутреннее сильное воспитание душевное, глубокое воспитание, что нельзя и надеяться на скорое появление моих сочинений». Он погрузился в чтение трудов отцов церкви, проповедей и сочинений церковных писателей. Особенно волновала его книга «О подражании Христу» Фомы Кемпийского, которую он рекомендовал читать всем своим друзьям. Глубоко веря в то, что мысль о его труде внушена ему самим Богом, Гоголь каждый день начинал работу над поэмой с особой молитвы: «Боже, соприсутствуй мне в труде моем, для него же призвал меня в мир… Верю, яко не от моего произволения началось сие самое дело, над ним же работаю во славу Твою. Ты же заронил и первую мысль. Ты же один дал силы и окончить, все строя ко спасению моему…»
Но «Мертвые души» не писались. Приходилось вымучивать каждую строчку. Это была чудовищная пытка, кончавшаяся нервными припадками. Здоровье Гоголя стало быстро разрушаться. Стараясь поправить его, он ездил с одного немецкого курорта на другой, однако лечение не помогало. (Болезнь Гоголя, которой он страдал с юных лет, таинственна. Симптомы ее проявления можно определить словами: медленное оцепенение, остывание, замерзание — тело словно коченело, а душа ощущала себя «заживо погребенной».) Гоголь чувствовал постоянный упадок сил, а всякая попытка умственной работы вызывала усиление болезненного состояния. Но Гоголь не поддавался — свой недуг он воспринимал как «бесовское наваждение» и борьбу с ним считал борьбой с дьяволом. Он писал через силу, но постоянно был недоволен написанным. В июле 1845 г., находясь в Гамбурге, Гоголь сжег первую редакцию второго тома. «Не легко было сжечь пятилетний труд, производимый с такими болезненными напряжениями, где всякая строка доставалась потрясением, где было много такого, что составляло мои лучшие помышления и занимало мою душу, — записал он в тот же день. — Благодарю Бога, что дал мне силу это сделать. Как только пламя унесло последние листы моей книги, ее содержание вдруг воскресло в очищенном и светлом виде, подобно фениксу из костра, и я вдруг увидел, в каком еще беспорядке было то, что я считал уже порядочным и стройным. Появление второго тома в том виде, в каком он был, произвело бы скорее вред, чем пользу».