Вскоре, однако, его фронтовая служба кончилась. Летом 1916 г. Булгакова откомандировали в распоряжение Смоленского губернатора, и он получил назначение в качестве земского врача в один из самых глухих уголков Смоленской губернии — в село Никольское Сычевского уезда Позже Булгаков вспоминал: «Это село Никольское под Сычевкой представляло собой дикую глушь и по местоположению и по окружающей бытовой обстановке, и всеобщей народной темноте. Кажется, единственным представителем интеллигенции был священник». Этот период своей жизни Булгаков позже описал в «Записках юного врача». Время это было для него очень трудное. Лечась от дифтерита, он пристрастился к морфию и в течение нескольких лет страдал от наркомании. Еще более угнетала его глушь и страшное невежество населения Осенью 1917 г Булгакову удалось перебраться в Вяземскую городскую земскую больницу, а в феврале 1918 г он был уволен с военной службы и вернулся вместе с женой в Киев (всего за несколько дней до этого отбитый частями Красной Армии у Центральной Рады).
Киев находился тогда в самом эпицентре бурных событий Гражданской войны. Уже в марте город был занят немцами, которые передали власть гетману Скоропадскому. В это время Булгаков начал практиковать как частный врач-венеролог. (В родном городе он воспрял духом и смог постепенно избавиться от страшной привязанности к наркотику.) В декабре, после ухода немцев, Киев отбили войска Директории (петлюровцы). В феврале 1919 г. сюда вошли красные, установившие в городе жесточайший террористический режим (за неполных семь месяцев было расстреляно около 7 тысяч человек). В конце августа красные были выбиты наступающей армией Деникина. Незадолго до этого Булгаков был мобилизован в Красную Армию и вместе с ней покинул город. Дальнейшие события его биографии известны недостаточно хорошо. Кажется, во время штурма Киева красными 14 октября Булгаков перешел на сторону белых и был направлен ими на Кавказ — сначала в Грозный, потом во Владикавказ, где работал в местных военных госпиталях. В это время появляются первые его фельетоны, которые публиковались в белогвардейских газетах. В феврале 1920 г. Булгаков навсегда оставил медицину и сделался штатным журналистом ведущей местной газеты «Кавказ». Жизнь его на юге стала понемногу налаживаться, но вскоре белые потерпели окончательное поражение. Во время их отступления Булгаков, больной тифом, не смог уехать из Владикавказа.
При новой власти он сколько возможно старался заниматься литературой — в апреле стал работать заведующим литературной секцией подотдела искусств во владикавказском ревкоме и заведовал театральной секцией: организовывал литературные вечера, концерты, спектакли, диспуты, написал и поставил несколько своих (весьма слабых) пьес. В одном из писем начала 1921 г. он писал: «Это лето я все время выступал с эстрады с рассказами и лекциями. Потом на сцене пошли мои пьесы… Бог мой, чего я еще не делал: читал и читаю лекции по истории литературы, читаю вступительные слова и проч., и проч…» В мае 1921 г., когда во Владикавказе усилились репрессии против бывших белогвардейцев, Булгаков посчитал за лучшее переехать сначала в Тифлис, а потом в Батум. Но здесь, несмотря на все усилия, он не смог найти работы и страшно бедствовал без малейшей надежды на литературный заработок. В конце сентября Булгаков с женой переехал в Москву.
Жизнь в столице Булгаковым пришлось начинать с нуля. Друзья устроили их в Тихомировском студенческом общежитии. Потом они жили в большой коммунальной квартире на Большой Садовой. (Только в середине 30-х гг.
Булгакову удалось обзавестись собственной квартирой.) В Москве в то время было очень голодно, свирепствовала безработица. Булгаков перебивался случайными заработками и сменил несколько мест работы. В конце 1921 г. он числился секретарем Литературного отдела Главполитпросвета и сотрудничал в частной газете «Торгово-промышленный вестник». В январе 1922 г., потеряв работу в обоих местах, Булгаков жестоко бедствовал и голодал. Его жена вспоминала позже: «Бывало так, что у нас ничего не было — ни картошки, ни хлеба, ничего. Михаил бегал голодный». Он работал за ничтожное жалование в одном из издательств, подрабатывал в труппе бродячего театра, в марте работал репортером в газете «Рабочий», в следующем месяце поступил обработчиком писем в газету «Гудок».