В конце 20-х гг., с ужесточением советского режима, над головой Булгакова начали сгущаться тучи. В октябре 1928 г. в «Известиях» появилась статья с призывом «ударить по булгаковщине». Вскоре была запрещена к постановке булгаковская пьеса «Бег» (также посвященная белому движению), которую уже начали репетировать артисты МХАТа. 2 февраля 1929 г. свое слово по отношению к «Бегу» высказал Сталин. В своем ответе драматургу Билль-Белоцерковскому генсек расценил «Бег» как «проявление попытки вызвать жалость, если не симпатию, к некоторым слоям антисоветской эмигрантщины» и тем самым «оправдать или полуоправдать белогвардейское дело». После такого отзыва судьба пьесы была решена. Снятие «Бега» имело роковые последствия и для других булгаковских пьес — все они в марте 1929 г. были сняты с репертуара по решению Главреперткома, а Булгаков остался совершенно без средств к существованию. Несколько раз он пытался получить разрешение на выезд за границу, но неизменно получал отказ. Тогда в июле он написал письмо Сталину, в котором говорил: «К концу десятого года силы мои надломлены, не будучи в силах более существовать, затравленный, зная, что ни печататься, ни ставиться более в пределах СССР мне нельзя, доведенный до нервного расстройства, я обращаюсь к Вам и прошу Вашего ходатайства перед Правительством СССР об изгнании меня за пределы СССР вместе с женой моей Л.Е. Булгаковой, которая к прошению этому присоединяется». Никакого ответа на это письмо Булгаков не получил (возможно, он его даже не отправлял). В августе он писал брату Николаю, который находился в Париже:
«В 1929 г. совершилось мое писательское уничтожение… Вокруг меня уже ползет змейкой слух о том, что я обречен во всех смыслах…»
В этот тяжелый момент Булгаков начал работу над своими главными произведениями: пьесой «Мольер», «Театральным романом» и романом «Мастер и Маргарита». «Мольер» — это трагическое произведение, посвященное вечному вопросу взаимоотношения Художника и Власти. Героя пьесы, знаменитого французского драматурга Мольера, травят со всех сторон, и лишь король Людовик XIV защищает его от злобной дворцовой камарильи, В этой коллизии видели явное обращение Булгакова к Сталину. Но генсек в этот раз не пожелал вступаться за драматурга. В марте 1930 г. Главрепертком запретил «Мольера». В отчаянии 28 марта Булгаков пишет новое письмо Правительству. В этом знаменитом послании он откровенно объявил, что никогда не сможет стать лояльным коммунистическим писателем, так как, во-первых, главным в своем творчестве он считает «борьбу с цензурой, какая бы она не была и при какой бы власти не существовала», во-вторых, он сатирик, а при теперешнем положении вещей «всякий сатирик в СССР посягает на советский строй», наконец, он по духу мистический писатель, пишет «черными мистическими красками» и не может относиться к «революционному процессу», происходящему в стране, иначе, как с «глубоким скептицизмом». В связи с этим Булгаков просил либо отпустить его за границу, либо дать работу режиссера в Художественном театре. Письмо было размножено и отправлено по семи адресам; Сталину, Молотову, Кагановичу, Калинину, Ягоде, Бубнову и Кону. Ответ на него был неожиданным. 18 апреля на квартиру Булгакову внезапно позвонил сам Сталин. После обмена приветствиями генсек сказал:
«Мы ваше письмо получили. Читали с товарищами. Вы будете по нему благоприятный ответ иметь… А может быть, правда — вы проситесь за границу?
Что, мы вам очень надоели?». Булгаков отвечал, что много думал об этом в последнее время, но не уверен — может ли русский писатель жить вне родины. «Вы правы, — согласился Сталин. — Я тоже так думаю. Вы где хотите работать? В Художественном театре?» Булгаков сказал, что хотел бы, но ему отказали. «А вы подайте заявление туда, — посоветовал Сталин. — Мне кажется, что они согласятся». И действительно, через полчаса после этого памятного разговора Булгакову позвонили из Художественного театра и пригласили на работу ассистентом режиссера.
Его дебютом на новом месте стала инсценировка «Мертвых душ» Гоголя, которые затем шли с большим успехом в МХАТе в течение многих лет. Вскоре последовало разрешение возобновить «Дни Турбиных». Сталин очень любил эту пьесу. В феврале 1932 г. в разговоре с руководителями МХАТа он заметил:
«Вот у вас хорошая пьеса «Дни Турбиных» — почему она не идет?» Ему смущенно ответили, что она запрещена. «Вздор, — возразил Сталин, — хорошая пьеса, ее нужно ставить, ставьте». И через десять дней спектакль был восстановлен. (Расположение Сталина к этой пьесе, вероятно, спасло Булгакова от расстрела в 1937 г., когда в застенках НКВД погибло множество несравненно более лояльных к коммунистическому режиму литераторов.) Но в отношении других булгаковских пьес позиция советских властей оставалась неизменной.
В 1931 г. театр Вахтангова отказался ставить булгаковскую пьесу «Адам и Ева».