Став одним из популярных людей во Франции, принц оказался в самой гуще политической борьбы. В войне королевской власти с фрондой (такое название в истории получила внутренняя смута во Франции в 1648-1658 годах) он принял сначала сторону кардинала итальянца Джулио Мазарини и королевы Анны Австрийской регентши сына — малолетнего коронованного сына Людовика. В январе — феврале 1649 года во главе преданных ему войск Конде двинулся на столицу, захватил крепость Шарантон и овладел Парижем.
Мятежный парижский парламент распустил свою армию и заключил с королевским двором Рюэйльский мир. Кардинал Джулио Мазарини был восстановлен на посту первого министра. Королева Анна Австрийская объявила всеобщую амнистию. Но между честолюбивым и заносчивым полководцем Луи Конде и властолюбивым первым министром Франции столкновение было неизбежно.
По приказу Мазарини принц Конде был заключён в замок Венсенн, откуда через год его освободили. Кардинал приказывает арестовать также и младшего брата Конде принца Конти, его шурина Анри II Орлеанского и герцога де Лонгвиля. Руководители фронды стали непримиримыми врагами.
Принц Конде возглавил новую фронду (так называемую фронду принцев), намереваясь свергнуть кардинала Мазарини и даже обратить свои немалые владения в независимое государство. Его ближайшим соратником стал младший брат принц Конти. В сентябре 1651 года Луи Конде собрал на юге страны, в городе Бордо, дворянское ополчение, подчинил себе все южные провинции и намеревался захватить столицу Франции. Под его знамёна встало немало французских аристократов. Кроме того, Конде заключил союз с Испанией.
Однако его недавний соратник по Тридцатилетней войне виконт де Тюренн, защищая королевский двор от мятежника, вышел ему навстречу и разбил 5-тысячное войско инсургентов Конде в бою у Сент-Антуанских ворот Парижа. Сторонники принца отбивались от королевских солдат на устроенных баррикадах, которые 2 июля 1652 года несколько раз переходили из рук в руки. После тяжёлых ранений своих ближайших помощников герцога де Немура и герцога де Ларошфуко глава мятежной фронды отказался от мысли войти в Париж и отступил с большими потерями. Конде удалось спастись, спрятавшись у приверженцев в самом Париже.
Великий полководец оказался менее искусным политиком. Анархия во французской столице, раздоры между ним и остальными вождями фронды, возвращение в Париж его врага кардинала Мазарини заставили принца бежать из отечества в Нидерланды и там в 1653 году сдаться испанцам, своим недавним врагам. В 1654 году за государственную измену его во Франции заочно приговорили к смертной казни.
Теперь Конде обратил своё оружие и военное искусство против отечества. Во главе испанского войска (он стал командующим — генералиссимусом) он опустошил северные провинции Франции. Но в этой войне на долю принца редко выпадали удачи — против него воевала воспитанная и обученная им французская армия.
В августе 1654 года испанские войска под командованием Конде осадили город Аррас. Подошедшая на выручку его гарнизона армия под командованием маршала виконта де Тюренна атаковала испанцев и обратила их в бегство. Их потери составили около 30 тысяч человек. Конде с большим трудом удалось собрать остатки своих войск и отвести их к Камбре.
В июне 1656 года город Валансьенн, в котором находился испанский гарнизон, был осаждён французской армией маршала де Тюренна и генерала Лаферте. Французы разделились на две колонны на противоположном берегу реки Шельды. Но когда городской гарнизон уже был готов сдаться, колонна Лаферте была атакована подошедшим 20-тысячным испанским отрядом под командованием принца Конде. Прежде чем маршал Тюренн смог прийти на помощь, войска генерала Лаферте были разгромлены, и потери французов составили 400 офицеров и 4 тысячи солдат. Это поражение вынудило Тюренна снять осаду Валансьенна.
14 июня 1658 года состоялась «битва в дюнах». Близ Дюнкерка 14 тысяч испанцев под командованием дона Хуана Австрийского и принца Конде сразились с войском маршала де Тюренна примерно такой же численности (в составе французских войск была английская пехота). Исход сражения решил десант с английских кораблей, поддержавший французов, и фланговый удар кавалерии Тюренна, который умело воспользовался отливом. Испанские войска, потерявшие 4 тысячи человек, оказались полностью разгромленными. Осаждённый испанский гарнизон Дюнкерка капитулировал, и город отошёл к Англии, которая в 1662 году продала этот порт французскому королю.
Гражданская война закончилась в 1659 году заключением мира и укреплением королевской власти. Кардинал Мазарини помирился с принцем Луи II Конде, которому Испания решила отдать самостоятельное княжество у северной французской границы. Был отменён и заочный смертный приговор принцу за измену Франции и её монарху Людовику XIV, который женился на Марии-Терезии, дочери испанского короля Филиппа IV. Конде был восстановлен во всех своих титулах и правах, но 8 лет оставался не у дел.
