Узнав о смерти Гамзат-бека, Шамиль во главе отряда мюридов захватил в ауле Новый Гоцатль казну имама и приказал убить младшего сына ханши Паху-Бике, единственного наследника Аварского ханства. Это было последнее препятствие для распространения власти имама на земле аварцев — самого многочисленного народа Дагестана.
В 1834 году Шамиль был объявлен новым имамом, главой военно-теократического государства на территории Чечни и Дагестана. При нём боевые действия на Северном Кавказе приобрели особенно большой размах. В октябре 1834 года русские войска совершили экспедицию в дагестанские горы и штурмом овладели укреплёнными аулами Старый и Новый Гоцатль, главной резиденции Шамиля, и вынудили его со своими сильно поредевшими отрядами мюридов отступить из Аварии.
В июле 1837 года между имамом и генералом К.К. Фези было заключено перемирие. Командир русского отряда, который окружил аул Ахульго, допустил ошибку — вместо того чтобы пленить Шамиля, он взял в аманаты (заложники) его племянника и, удовлетворившись тем, что предводитель мятежных горцев присягнул на верность российскому императору, прекратил против него боевые действия. После этого Кавказская война продлилась ещё 23 года.
Положение имама Шамиля в тот год было отчаянным. Появление русских войск в самой труднодоступной части Дагестана, разгром мюридов под Ахульго заставил их на некоторое время прекратить военные действия. Перемирие было использовано имамом для подготовки к продолжению священной войны. Лишь к началу 1839 года Шамилю удалось собраться с силами, организовать 5-тысячный отряд и укрепиться в селении Аргун. Отсюда он стал совершать нападения на небольшие русские гарнизоны и горские селения, которые изъявили свою покорность царским войскам, чтобы силой оружия заставить их признать власть имама и встать под его знамёна.
В мае 1839 года русский Чеченский отряд генерала П.Х. Граббе после 12-часового боя, в котором стороны понесли большие потери, разбил мюридов у Аргуна, и они укрылись в Новом Ахульго. Укреплённый аул был осаждён, и во время его кровопролитного штурма раненый Шамиль с частью своих воинов прорвался в Чечню, в Аргунское ущелье. Укрепившись там, он пресёк попытку своего сподвижника Ташав-ходжи присвоить себе власть имама.
Генерал Граббе не стал преследовать беглецов, и Шамиль получил возможность поднять на газават большую часть Чечни. Этому в немалой степени способствовало решение царских властей через местных приставов отобрать у горцев оружие. Такое непродуманное решение имело самые негативные последствия — произошла новая вспышка в ходе Кавказской войны. По приказу имама за оружие взялась Малая Чечня. На сей раз мюриды успешно применяли партизанские методы ведения войны в поросших густыми лесами горах, одновременно силой оружия распространяя власть имама на те горские вольные общества, которые покорились России.
Русские войска перенесли войну с пограничной укреплённой линии и зоны крепостей в глубь Чечни. Начались постоянные военные экспедиции в горы, которые часто заканчивались разорением «немирных» чеченских аулов и переселением их жителей на равнину. Чтобы спастись от бедствий войны, часть горского населения оставила аулы и укрылась в лесах за рекой Сунджей и в Чёрных горах. Войско имама Шамиля в тот период значительно увеличилось за счёт чеченских воинов.
После упорных боев в районе Гехинского леса и 11 июля 1840 года на реке Валерик русские войска заняли Чечню. Но к 1843 году Шамилю удалось занять Аварию и большую часть Дагестана. Это был пик правления имама, которому удалось за счёт горских ополчений довести численность своих войск до 60 тысяч человек и улучшить их организацию. Мужское население от 15 до 50 лет обязывалось нести военную службу. Войско делилось на десятки, сотни и тысячи. Во главе их стояли наибы — наместники Шамиля. Ядром армии его государства — имамата стала лёгкая конница, основную часть которой составляли конные бойцы — муртазеки. Каждые десять крестьянских дворов обязаны были выставлять и содержать одного муртазека, обеспечивая его всем необходимым на войне. Началось изготовление артиллерийских орудий, снарядов к ним, пуль и пороха. Внутренний порядок в имамате строился на основе мусульманского законодательства — шариата.
В Чечне началось новое вооружённое выступление против власти России. Подвижные войска Шамиля после совершения нападений на русские крепости, отряды и селения легко выходили из боя и скрывались в горах и лесах от преследования. В эти годы многие действия русских войск в горах заканчивались неудачей: их экспедиции на территорию имамата не достигали поставленных целей, а в частых боевых столкновениях стороны несли большие потери в людях.