Началась новая глава в жизни Мудрова — руководителя терапевтической клиники, на базе которой образовалась целая терапевтическая школа, давшая многих известных профессоров и практических врачей. С его именем связана реорганизация преподавания медицинских наук; были введены практические занятия для студентов и преподавание патологической и сравнительной анатомии, усилено оснащение кафедр учебно-вспомогательными пособиями и т. п. Он создал первую школу русских терапевтов, рассматривавших болезнь как страдание всего организма; подчеркивал, что основная задача врача — распознавание и определение причин заболевания, проведение комплексных лечебно-профилактических мероприятий. Он первым заявил о медицине профилактической. А его работы по дизентерии, холере, в борьбе с которой он погиб, — разве это не подвиг врача, о котором, к сожалению, забыли?
Вместе с большинством домов в 1812 году сгорел Московский университет. Невзирая на протест жены, Матвей Яковлевич дает деньги на строительство нового здания для своего храма науки и передает свою и своего тестя библиотеки взамен сгоревших книг. В январе 1817 года был назначен новый попечитель Московского университета — Андрей Петрович Оболенский. Для Мудрова это была большая радость, так как тот был не только хорошим знакомым Матвея Яковлевича, но и его пациентом. Мудров просил князя Оболенского, чтобы он добился у императора Александра I ассигнований на строительство Медицинского института. В это время Александра Ивановича Голицына назначили министром народного просвещения, с ним Мудрова связывали долгие годы знакомства.
В 1819 году закончено сооружение нового анатомического театра, которое курировал при строительстве Мудров. Одновременно было подписано императором Александром I предложение московского генерал-губернатора и министерства просвещения о выделении денег на строительство университетской учебной больницы. Мудрову не терпелось как можно скорее получить учебную больницу и медицинский институт — первый медицинский институт в России. Небольшой клинический институт существовал с 1805 года, но в нем было всего 12 коек, да и то больше используемых для амбулаторных больных. К сентябрю 1820 года были готовы и новое здание больницы, и новое здание университета. Ученый совет единодушно просил вышестоящие инстанции о назначении первым директором Медицинского института при университете М.Я. Мудрова. Не было в то время в Москве фигуры более значительной для занятия такого почетного и ответственного поста.
Матвей Яковлевич был семейным врачом Голицыных, Муравьёвых, Чернышевых, Трубецких, Лопухиных, Оболенских, Тургеневых и др. именитых семей. Представляет огромный интерес, что с самых первых дней своей практики Мудров начал скрупулезно записывать в тетрадках и собирать истории болезни. Кроме того, на каждой странице своей записной книжки он записывал имена больных, которых посещал. Тяжелобольных с трудным диагнозом он подчеркивал либо одной, либо двумя, либо тремя черточками, в зависимости от того, как часто должен был их посещать. По истечении года тетрадки переплетались и вместе с записной годовой книжкой, на которой золотом наносился год работы, помещались в специальный шкаф. За 22 года своей врачебной практики он накопил 40 томов, некоторые из них имели толщину энциклопедии. Это собрание историй болезни будет его величайшим богатством.
В них были подробные записи о диагнозе, особенностях течения болезней и тех средствах, которые применялись для лечения, а также об их эффективности. Мудрову это позволяло в любой момент найти историю болезни того или иного больного, к которому его пригласили, и воскресить в памяти способ лечения, который использовался в данном конкретном случае. Нередко много лет спустя после первого посещения того или иного больного к Мудрову обращались пациенты с просьбой отыскать в его книгах рецепт препарата, который им помог. Ни один врач Москвы, даже самый знаменитый, не располагал таким собранием практических наблюдений. Мудров дорожил и берег это бесценное сокровище. Богатейшие материалы Мудрова, к сожалению, были утеряны. Его ученик Петр Страхов, которому он поручил после своей смерти издать их, не выполнил просьбу учителя.
В 1826 году Мудров издает одну из своих лекций в разделе «Практическая медицина», в которой представляет новую классификацию болезней. Вторая часть его «Практической медицины» появляется спустя три года. В ней он излагает конкретные принципы диагностики, в частности план обследования больного. Он довольно детально обсуждает значимость и возможности новых методов диагностики — перкуссии Ауэнбруггера и аускультации Лаэннека. Мудров заговорил о языке как «о вывеске желудка» и описал ряд ценных для диагностики симптомов.
