Сам Филипп Сергеевич о деталях своего отъезда из Севастополя впервые упомянул в 1966 году в письме редактору газеты «Красная Звезда»: «Я не описывал, считал это ненужным, как меня самого вывезли из этого кошмара, как… надели на меня какой-то плащ, вывели наружу, посадили и увезли». Позже вице-адмирал рассказывал своей дочери, как по взлетающему самолету стреляли из винтовок и автоматов брошенные бойцы. Но из автомата транспортный самолет не собьешь… В этот первый самолет залез и комендант Херсонесского аэродрома майор Попов, на которого была возложена организация посадки на самолеты. Попов впоследствии был приговорен военным трибуналом к расстрелу. Бежал к немцам. Оставшиеся самолеты брали штурмом. «Организовать нормальную эвакуацию было невозможно, – вспоминал А. Зинченко. – Кто посильнее, тот и попадал в самолет. На третий самолет дошла и моя очередь, но, когда я попытался влезть в самолет, один из команды по посадке ударил меня сапогом в голову так, что я потерял сознание. Брали в основном моряков, а у меня форма была сухопутная». По улетавшим самолетам из толпы красноармейцев и краснофлотцев, сдерживаемых автоматчиками, периодически открывался огонь из винтовок. Всего 13 самолетов ПС-84 вывезли на Кавказ 222 начальника, 49 раненых и 3490 килограммов грузов.
Генерал Петров принял решение уходить из Севастополя морем. Вечером 29 июня в Севастополь пришли две подводные лодки, доставившие боеприпасы и бензин. В ходе разгрузки командир одной из них получил письменный приказ начальника штаба СОРа капитана 1‑го ранга Васильева: «До особого распоряжения подлодка Щ-209 остается в Севастополе. После разгрузки с рассветом вам надлежит выйти в район 35‑й батареи и лечь на грунт. С темнотой всплыть и ожидать распоряжения».
Как только стемнело, генерал Петров и с ним прочее начальство Приморской армии незаметно для подчиненных через подземный ход вышли на пристань. Начальник отдела укомплектования Приморской армии подполковник Семечкин рассказывал: «Мы шли на посадку на подводную лодку. Я шел впереди Петрова. В это время кто-то из толпы стал ругательски кричать: «Вы такие-разэдакие, нас бросаете, а сами бежите». И тут дал очередь из автомата по командующему генералу Петрову. Но так как я находился впереди него, то вся очередь попала в меня. Я упал…» Людей с причала переправляли на небольшом буксире «Папанин» на подводные лодки. На лодки попадали только счастливчики, имевшие пропуска за подписью Октябрьского и Кулакова».
В соответствии с решением Военного совета СОРа эвакуации в первую очередь на двух подводных лодках и самолетах подлежал только высший и старший комсостав от командира полка и выше. В этом списке значилось всего 139 человек, из них 77 человек от Черноморского флота.
Подводная лодка Щ-209 приняла на борт Военный совет Приморской армии со всем ее штабом, всего 63 человека, и в 2.59 1 июля вышла на Новороссийск, куда и прибыла после сложного похода 4 июля около 8 часов утра. Из Новороссийска Октябрьский направил донесение в Ставку с копией Буденному: «Исходя из сложившейся обстановки на 24.00 30.06.42 г. и состояния войск, считаю, что остатки войск СОР могут продержаться на ограниченном рубеже один, максимум два дня <…>. Одновременно докладываю: вместе со мной в ночь на 1 июля на всех имеющихся средствах из Севастополя вывезено около 600 человек руководящего состава армии, флота и гражданских организаций…»
На самом деле всеми правдами и неправдами Севастополь ухитрились покинуть 1228 военных и партийных чинов. В ночь на 1 июля из штаба флота в Севастополь передали, что Буденный распорядился направить все имеющиеся плавсредства для эвакуации, как было сказано, «раненых бойцов и начсостава». В Севастополе это поняли по-своему. Вот последняя телеграмма, отправленная генералом Новиковым Буденному: «20.45. Начсостава 2000 человек в готовности транспортировки…»
Стемнело, но обещанные Буденным корабли так и не появились. Тогда Новиков использовал для «самоутечки» (!) находившийся в распоряжении его штаба небольшой катер № 112. Вместе с ним туда погрузились 70 начальников, в основном штабные, интенданты и политработники. Около двух часов ночи 2 июля 1942 года катер вышел в море. Но с рассветом он был обнаружен торпедными катерами противника и после боя захвачен ими и взят на буксир. Допрашивавший Новикова Манштейн обратил внимание на то, что плененный советский генерал одет в форму рядового (!), и немедленно приказал переодеть его в соответствующее обмундирование.
