Советское руководство делало ставку на Кармаля. Вскоре Бабрак Кармаль заключил тайный союз с Тараки, и Амин оказался изолированным. Однако, когда в апреле 1978 г. в Кабуле начались беспорядки, и тогдашний президент Мухаммед Дауд арестовал всех коммунистов, Амин сумел остаться на свободе. Благодаря этому, Амину удалось создать впечатление, что именно он возглавил успешное восстание против Дауда.
Амин восстановил свое влияние в НДПА, и при режиме Тараки (который стал президентом) занял посты премьер-министра и министра обороны. Но брежневское руководство по-прежнему относилось к нему с большим недоверием. В отличие от Тараки и Кармаля Амин был коммунистом с небольшим стажем, да и свою теоретическую подготовку он получил не в СССР, как Бабрак Кармаль, а в США.
Как пишут осведомленные источники, решено было Амина убрать. Задача была поручена четырем афганским офицерам, подготовленным в СССР и Чехословакии. Все четверо, а также Тараки и Кармаль поддерживали тесные связи с советскими офицерами, находившимися в Афганистане. Заговорщики должны были выступить 11 сентября 1978 г. в то время, когда Тараки возвращался домой с конференции глав государств и правительств неприсоединившихся стран в Гаване.
Тараки сделал остановку в Москве, где провел совещание с Кармалем о распределении министерских портфелей после свержения Амина. На его беду, Амин узнал о заговоре и выступил первым. Через три дня ему удалось схватить Тараки, который по его приказу был задушен в тюрьме. Хафизулла Амин объявил себя президентом страны и председателем НДПА.
Советское руководство как будто примирилось с реальностью. Брежнев и Косыгин прислали новому президенту «самые теплые поздравления» и одновременно был отдан приказ о подготовке к свержению Амина — «продажного агента ЦРУ», как называл своего соперника Бабрак Кармаль.
В середине сентября 1979 г. планы военной оккупации Афганистана были готовы. Вскоре Кармаля тайно привезли в Кабул и укрыли на военно-воздушной базе Байрам, охранявшейся советскими войсками.
В конце ноября в Афганистан прибыл первый заместитель министра внутренних дел СССР генерал Виктор Папутин. Он посетил Амина, а спустя некоторое время советские газеты сообщили о смерти генерала. Западные разведывательные источники сообщили, что Папутин был смертельно ранен в перестрелке с главой тайной полиции Афганистана, племянником Амина.
А 30.12.1979 г. газета «Правда» сообщила, что «в результате поднявшейся волны народного гнева Амин вместе со своими приспешниками предстал перед справедливым революционным судом народа и был казнен».
В годы перестройки, в одном из новых советских еженедельников появились воспоминания участника событий свержения Амина майора КГБ М.К. (он не захотел раскрывать своего имени). Вот что он рассказал о смерти Амина:
