Преследование ереси уже началось в том духе, в котором оно должно было продолжаться. Для тех, кто был назван легатами защитниками ереси и не подчинился в течение сорока дней, были установлены значительные штрафы. В замках, взятых штурмом, их немедленно вешали. Самих еретиков сжигали десятками на огромных кострах из дерева и соломы — наказание, предписанное традицией, которую крестоносцы принесли с собой с севера. Крестоносцы ничего не знали о судебных гарантиях, которые инквизиция должна была привнести в преследование ереси. В Кастре они не могли решить, следует ли сжигать раскаявшихся еретиков вместе с нераскаявшимися, — вопрос, по которому инквизиторы следующего поколения напишут, что "милосердие в таких обстоятельствах предпочтительнее суровости правосудия"; и более приемлемо, добавили они, для слабой и трусливой публики. Но Церковь в 1209 году еще не имела полицейской системы, чтобы преследовать тех, чье раскаяние было неискренним, и Симон приказал умертвить и тех и других. Эти казни были важной частью его цели в Лангедоке. Но несомненно и то, что они ожесточили сопротивление дворянства и сделали врагами Симона многих умеренных католиков.
Арно-Амори не был человеком, уважающим свободы горожан или мелкие привилегии самовластных городских правителей. В сентябре 1209 года он объявил нескольких горожан Тулузы еретиками и потребовал выдать их и конфисковать имущество. Консулы города с возмущением отрицали, что в городе есть еретики; те, кого назвал Арно-Амори, по их утверждению, исповедовали самые ревностные ортодоксальные взгляды. Они отвергли его требование и обратились к Иннокентию III, а Арно-Амори наложил на город интердикт. Положение же Раймунда VI было более трудноразрешимой проблемой. Пока он не был отстранен от управления своими владениями, мало что можно было сделать с мощными еретическими общинами среди его вассалов. Но Раймунд подчинился церкви. Однако Арно-Амори не доверял и не верил ему. Он считал его покорность лицемерием, простым приемом, чтобы избежать наказания, которого он заслуживал. Но пристрастия Иннокентия к юридическим тонкостям не позволяли легатам вторгаться в Тулузское графство, пока граф не даст им на то достаточных оснований, и Раймунд пошел на крайние меры, чтобы этого избежать. Он привел своего сына, которого предложил в качестве заложника, в лагерь крестоносцев в Альзоне и обещал его в мужья дочери Симона де Монфора. Он разрушил несколько замков на границах между своими землями и землями Симона, чтобы они не вызвали споров. Он неоднократно заявлял о своей ортодоксальности и готовности подчиниться любому требованию легатов.
Арно-Амори не забыл обещаний, данных Раймундом в Сен-Жиле, обещаний, которые будет трудно выполнить. Преследование ереси, отмена пошлин, немедленный роспуск наемников, увольнение еврейских администраторов с его службы — ничего из этого не могло быть выполнено быстро, не приведя к распаду его правительства. Тем не менее, жалобы на медлительность Раймунда раздавались уже через несколько дней после взятия Каркассона. В сентябре 1209 года три легата, Мило, Федисий и Арно-Амори, председательствовали на Соборе в Авиньоне, на котором они отлучили Раймунда от церкви и наложили интердикт на все его владения. Раймунд напрасно протестовал, что с момента его обещаний в Сен-Жиле прошло всего три месяца, в течение двух из которых он активно помогал крестовому походу. Собор лишь согласился отложить исполнение приговора на шесть недель. У графа было время до 1 ноября, чтобы удовлетворить легатов по всем вопросам, поднятым в Сен-Жиле, или же Церковь объявит его графство конфискованным. Раймунд немедленно обратился к Папе. Он объявил о своем намерении отправиться в Рим, чтобы лично подать апелляцию, и сделал приготовления, которые несли на себе все признаки серьезного намерения. Легаты были заметно встревожены. Они превысили свои полномочия, и им была известна привязанность Иннокентия к юридическим формальностям. Поэтому они решили опередить обращение Раймунда, отправив в Рим своего посла. "Если случится, — писали легаты Папе, — что граф Тулузы, этот враг мира и справедливости, предстанет перед Вашим Святейшеством, позаботьтесь о том, чтобы Вас не обманул его лживый язык". Они перечислили жалобы на Раймунда, который обманом уклонился от своего обещания в Сен-Жиле. Жители Авиньона, Нима и Сен-Жиля были готовы отказаться от верности ему в соответствии с клятвой, данной в июне. Замки графа находятся в руках легатов и он бессилен противостоять им. "Он так хорошо связан силой Божьей и усилиями Вашего Святейшества, что борьба будет выше его сил". Агенты, доставившие эти письма в Рим, получили точные инструкции. Были предусмотрены все возможные аргументы в пользу графа, а также правильный ответ, который они должны были получить от Папы.
