Вообще молодые друзья царя стали замечать, что преобразования идут как-то туго. Не подлежало никакому сомнению, что Александр многим был недоволен в существующем порядке вещей, многое желал изменить, исправить, но равным образом было несомненно, что ни один из проектов реформ не исходил от него лично, все они не без труда внушались ему, причем его согласия на то или иное новшество нередко добивались с величайшими усилиями. О конституции Александр продолжал говорить с величайшей охотой, но только говорить, не более, а проекты освобождения крестьян были сведены к указу о вольных хлебопашцах (20 февраля 1803 года), положившему начало отмене крепостного права. Согласно ему, помещики могли вступать в соглашение со своими крестьянами, освобождая их за выкуп или даром непременно с землей целыми селениями или отдельными семьями. Эти освобожденные крестьяне не записывались в другие состояния, а образовывали особое сословие «свободных хлебопашцев» (всего в России за время царствования Александра I была освобождена таким образом 41 тысяча крестьян).
Создавалось впечатление, что царь является наибольшим консерватором из всех членов негласного комитета.
Тогда молодые друзья царя решили взять дела в свои руки. С этой целью Александру было предложено заменить коллегии министерствами, как более деятельными и ответственными органами исполнительной власти. Лагарп в данном вопросе был согласен с другими членами комитета. Успеху этого проекта помог случай. Однажды Александр пришел к Лагарпу в страшном волнении и со слезами на глазах поведал, что сотни жителей Иркутска погибают от недостатка в городе продовольствия, а все усилия отыскать виновных остаются напрасными. Воспользовавшись настроением царя, Лагарп предложил ему учредить министерства. Под влиянием его доводов царь поручил негласному комитету рассмотреть этот вопрос.
Манифестом 8 сентября 1802 года коллегии были преобразованы в восемь министерств: иностранных дел, военно-сухопутных сил, морских сил, внутренних дел, финансов, юстиции, коммерции и народного просвещения — с комитетом министров для обсуждения общего хода дел. Прежние коллегии были подчинены министерствам или вошли в них, как их департаменты. Главным отличием новых органов была их единоличная власть: каждое ведомство управлялось министром вместо прежнего коллегиального присутствия; каждый министр был отчетен перед сенатом. Кочубей был назначен министром внутренних дел, Строганов — товарищем (заместителем) министра внутренних дел, Новосильцов — товарищем министра юстиции (Державина), а Чарторийский — товарищем министра иностранных дел (Александра Воронцова).
Реформа центрального управления наделала много шума в гостиных. Большинство вельмож и сановников, по словам современника, рассматривало эту реформу не с точки зрения ее действительных достоинств и пользы, которую она может принести государству, а по тому, как она должна была отозваться на личной карьере каждого. Получившие места в новых учреждениях одобряли ее, те, кто остались за штатом порицали, как слепое увлечение молодости против древних учреждений, которыми возвеличилась Россия. Важные сановники, с которыми не посоветовались, чувствовали себя обиженными и желчно издевались над глупостью молодых людей и некоторых старцев, рабски подражавших Европе. Их поддерживала императрица Мария Федоровна, недовольная тем, что Александр редко прибегает к ее советам. Ее салон стал прибежищем всех противников реформ.
А противников этих было немало. Прямодушный Державин открыто восставал против «коверканья» всех начинаний Павла, называл негласный комитет «якобинской шайкой» и обвинял его членов в том, что они, будучи набиты польским и французским конституционным духом, на самом деле ни государства, ни дел гражданских не знают.
Д.П. Рунич, выражая мнение многих и многих, писал:
«Суровость Павла сменилась необузданной распущенностью. Либерализм обратился в моду. При вступлении на престол Александр объявил о своем намерении царствовать по примеру своей бабки Екатерины II. Только и было разговоров, что о манифесте, содержавшем эту пошлую и смешную фразу, да о красоте юного императора и свободе, которую жаждали. Увы, что это была за свобода! Александр должен был лавировать. Его мать была недовольна им, дворянство тоже, сторонники его отца ненавидели его. Тем не менее, когда могучая рука ослабляет петлю, готовую затянуться, эту руку целуют. Вполне верно, как говорит Макиавелли, что маленькие обиды всегда чувствительнее, чем большие. Запрещение носить круглые шляпы и панталоны возбудило ненависть к Павлу и среди знати, и среди не-знати… Разрешение наряжаться шутами, обмен рукопожатий, болтовня без удержу заставили полюбить Александра тотчас после вступления на престол».
Другие, как, например, А.С. Шишков, были недовольны как раз тем, что молодой царь не исполнил свое обещание идти по стопам бабки. Новое царствование они оценивали как продолжение павловского (вахтпарады, онемечивание армии), только без павловских строгостей.